Nous sommes en 1878. Dans la ville basse de Tokyo, Kaoru confronte un vagabond qu’elle prend pour Battosai le tueur. Hélas, il y a méprise. Pourtant, un assassin sévit en ville depuis quelque temps.

Lors de la fin de l'ère Tokugawa, marquée par la guerre civile, un samourai nommé Battôsai Himura vivait à Kyôto. C'était un tueur craint de tous, qui lors de ses passages laissait derrière lui un horrible carnage. Ses agissements nourrissaient l'espoir auprès de la population qu'une nouvelle ère s'ouvrirait. Seulement, lors de l'avènement de l'ère Meiji, il disparut sans laisser de traces, et son nom finit par entrer dans la légende. Kaoru Kamya, orpheline et héritière du dôjô de son père, enseigne l'art du kendo seule. Elle se fera sauver à deux reprises des mains d'un dangereux tueur par un étrange vagabond. C'est ainsi qu'elle fait la connaissance de Kenshin, homme auquel elle offrira l'hospitalité.

Himura Kenshin, un assassin d'exception dont le seul nom terrorisait durant la période du Bakumatsu, cesse ses activités avec l'avènement de l'ère Meiji qui renoue avec la paix. Cependant, son successeur Makoto Shishio entend renverser le gouvernement en mettant le pays à feu et à sang, et le met au défi de l'arrêter. Seulement, Kenshin s'est juré de ne plus prendre de vies humaines...