L’histoire se déroule dans un Japon alternatif dans lequel 7 redoutables leaders s’affrontent ; Parmi eux, le dangereux Suoh Mikoto alias Red King dirige le gang HOMRA. L’impassible Munakata Reisi alias Blue King est à la tête des SCEPTER4. Nous suivons un jeune lycéen du nom de Isana Yashiro qui se retrouve impliqué dans ces batailles.

Pour apaiser Mikoto, le Roi Argenté s'est laissé "tuer" par le Roi Rouge. Toutefois, il a la réputation d'être immortel. Kuroh et Neko, persuadés qu'il a survécu, continuent leurs recherches mais ils ne sont pas les seuls dans ce cas. Le clan du Roi Vert cherche également à retrouver Shirô.