L'histoire nous entraîne dans le quotidien de Kino, une jeune aventurière et de sa moto qui parle nommée Hermes. Ils explorent le monde et les différentes cultures des endroits qu'ils traversent, en ne restant que 3 jours dans chaque ville.

Parcourir des contrées inconnues. Ne s'installer nulle part. S'aventurer dans de nouveaux mondes. Telle est la vie de Kino et d'Hermès, sa moto ! Aventurière d'un nouveau genre, Kino n'obéit qu'à une seule règle: ne pas rester plus de trois jours dans un même endroit car un aventurier est fait pour voyager, c'est plus fort que lui. Et si les mondes les plus étranges défilent tout au long des trajets parcourus, c'est au fil des conversations entre Kino et Hermès que nous découvrons l'aventure la plus extraordinaire: une odysée à travers la bizarrerie humaine !

Ce film présente l'enfance de Kino et ses début en tant que voyageur. Kino est une jeune fille qui vit dans la forêt auprès de son maître, bercée par ses récits de voyage. Elle y apprend le maniement des armes et s'entraîne à conduire du mieux possible sa moto Hermes. Elle possède également un grand manteau qu'une personne lui a donné autrefois avant de mourir pour la protéger. Cette personne s'appelait Kino. Un jour, au hasard d'une rencontre, elle décide d'aller dans un pays situé plus à l'ouest pour obtenir plus d'information sur ce Kino qui lui sauva un jour la vie. Kino est-elle vraiment Kino ?

Kino et sa moto Hermes arrivent dans un pays où une cité aux gigantesques gratte-ciels a été édifiée sous une cloche qui isole complètement la ville de l'extérieur. Kino est bien accueillie et loge dans un hôtel luxueux dont le directeur lui demande une faveur. Il aimerait que Kino raconte ses voyages à sa fille malade qui ne peut quitter l'hôpital. Certains habitants de la ville sont en effet atteints d'une maladie incurable et qui peut frapper à n'importe quel âge. La fille du directeur, quant à elle, entretient une correspondance secrète avec un garçon rencontré à l'hôpital et qui vit maintenant à l'extérieur de la ville.

Kino s'en va encore pour un nouveau pays : Tower Country. Dans cette ville, tous les citoyens travaillent sur ??la construction d'une tour massive, sans savoir à quoi elle sert. La rencontre plutôt étrange avec un jeune garçon ajoute encore une autre tournure à l'histoire.

L'histoire se centre sur le voyage d'une jeune fille se nommant Kino et de sa moto dotée de la parole : Hermes. Durant ce voyage, les deux héros découvriront que le monde qui les entoure n'est pas si bien qu'il n'y paraît, mais que paradoxalement ces défauts le rendent beau.