Ruka est une collégienne qui vit au bord de la mer et est plutôt du genre rebelle. Dès le premier jour des vacances d'été, elle blesse l'un de ses camarades de handball et se fait exclure pour toute la durée des vacances. Elle décide de partir à Tokyo pour une journée afin de réfléchir et fait la connaissance d'un jeune garçon mystérieux du nom d'Umi, qui disparaît aussitôt dans les eaux du port de la ville.

Quelques jours plus tard, alors qu'elle allait à la rencontre de son père océanographe sur son lieu de travail, elle revoit Umi nager dans un aquarium. Il finit par lui avouer un lourd secret : depuis qu'il est bébé, il est élevé par des dugongs et possède quelques caractéristiques d'animaux aquatiques. Cependant, ces animaux sont menacés de disparition comme beaucoup d'autres espèces marines.