Sur la planète Aqua (deuxième nom de Mars), se trouve une ville aqueuse nommée Néo-Venezia, autrement dit, la Venise de la planète Aqua. Dans cette ville, ou l'on ne peut se déplacer qu'en gondoles ou à pied, se trouvent des gondolières professionnelles appelées Undines qui agissent comme des guides touristiques. Akari Mizunashi vient de Man-Home (deuxième nom de la Terre) et travaille comme apprentie Undine dans la Société Aria. Son plus grand rêve est de devenir une Undine. À travers ce magnifique décor, elle rencontrera toutes sortes de personnes qu'elle emmènera sur sa gondole.

"Aria" est la suite du manga "Aqua", du même auteur. L'histoire se déroule au 24eme siècle, sur la planète Aqua, anciennement connue sous le nom de Mars. Les systèmes de transports inter-planétaires s'étant développés, Akari Mizunashi peut alors venir réaliser son rêve sur Aqua : devenir une ondine dans une ville, pure reconstitution de Venise : Neo-Venezia, où le temps s'écoule doucement et où il fait bon vivre. Elle fera donc partie de la compagnie Aria, une des trois compagnies de Neo-Venezia formant et employant des ondines, et sera sous la tutelle de sa supérieure et seule employée jusqu'à maintenant, Alicia Florence. Akari rencontrera une foule de personnages tout au long de l'histoire, auxquels elle saura communiquer son optimisme et sa joie de vivre.