Keichi Morisato est un jeune étudiant du campus de Nekomi Kodai, sa vie n'est qu'une succession de malheurs. En effet, il ne plaît à aucune fille à cause de sa petite taille ; il vit dans une chambre d'étudiant où ses sempai le considèrent comme leur bonne et enfin il a toujours du mal à boucler ses fins de mois. Mais malgré tous ces aléas de la vie, Keichi reste quelqu'un de pur et sincère, il ne se plaint jamais de son sort et aide avec plaisir ceux qui ont besoin de lui et se contente de son seul plaisir : les motos. Son destin était donc ainsi décidé : il devra vivre sous sa mauvaise étoile tout au long de sa vie. Mais les Dieux en ont décidé autrement ; en effet, ils lui feront un jour joindre par téléphone une Déesse du bonheur qui lui permettra de réaliser un voeu. Et cette Déesse s'appelle Belldandy!

La vie continue dans le temple de Keiichi et Belldandy. Mais de nouveaux événements imprévus vont venir troubler le quotidiens de nos tourtereaux, ainsi que les autres habitants du lieu sacrée. Mahleur traine toujours autours, Belldandy va etre privée de ses pouvoirs magiques, Keiichi va appeler une nouvelle déesse... Comment la relation Keichii- Belldandy supportera les embuches qui seront semées autour d'elle ?

Keichi Morisato est un étudiant. Seul dans sa chambre et consigné à un rôle de standardiste pour l'internat, il veut commander à manger. Après plusieurs coups de téléphone vains, Keichi tombe sur une “agence de déesses”, et trouve ainsi son salut via une personne qui arrive par... un miroir de la chambre ! Cette personne, c'est Belldandy, une déesse de 1ère classe qui est venue exaucer un voeu pour Keichi, puisque celui-ci a été sélectionné par Dieu... Keichi lui demande alors de rester avec lui, bien que sans conviction au début puisque croyant à une farce....

Tout va pour le mieux chez Keitaro et ses déesses, jusqu'au jour où un inconnu debarque chez eux. Inconnu, pas tout à fait. Cet homme fut le mentor de Belldandy lorsqu'elle était au paradis. Cet homme a un projet, faire tomber le Dieu actuel, coupable selon lui d'infliger des choix cruels aux humains. Tous les moyens sont bon pour y parvenir, même se servir de son ancienne disciple, Belldandy.

Quand Keiichi trouve le journal intime de son grand-père et vit une carte au trésor à l'intérieur, Skuld et Urd ont commencé à vouloir chercher ce dernier. Accompagné de ses amis, Keiichi arrive à l'auberge de Honda, l'endroit indiqué sur la carte. Une fois à l'intérieur, ils rencontrent Honda Chieko, qui semble partager une certaine promesse avec Keiichi. En dehors de cette confusion, il est temps pour Keiichi d'avoir assez de courage pour dire les mots «Je t'aime» à Belldandy.

Lind, déesse guerrière de classe 1, arrive au sein du petit monde du temple Taraki Hongan. Un démon s'en prend aux déesses et à leurs anges et les investigations de la Valkyrie l'ont conduit jusqu'à Belldandy et ses soeurs. La cohabitation va s'agrandir encore le temps de l'enquête... Un nouveau personnage divin sert de fond à une production qui célèbre les 20 ans du célèbre manga de Fujishima.

En raisons de certains évènements qui se sont produits à la fin de la saison 1, les déesses ont quelques problèmes de stabilité au niveau de leur corps. Si bien que Urd devient une petite fille et rencontre un garçon et, à l'inverse, Skuld devient une adulte et compte bien en profiter avec Keiichi.

Suite de la série Ah! My Goddess Ce sont des OAD vendus avec les tomes 42, 43 et 46 au Japon. Le parc d'attraction où Keiichi et Belldandy se sont rendus un jour est sur le point de fermer. Ils décident de s'y rendre à nouveau le jour de la fermeture à l'occasion d'une sortie à deux, attendue depuis bien longtemps. Pendant ce temps, un excès de bonheur dans le monde menace de rendre les Déesses inutiles! Il se trouve que la source de ce bonheur "en trop" est Belldandy. Urd et Skuld doivent déterminer ce qui cause ce débordement de joie avant qu'il soit hors de contrôle et élimine le besoin d'avoir des Déesses dans ce monde.