L'histoire débute au moment où la Terre se fait envahir par des extraterrestres appelés les Amanto. Ces derniers, technologiquement très avancés, vont imposer leur loi : tout samouraï devra se défaire de son sabre. C'en est fini de la voie du Bushido! C'est dans cette période de troubles, que Gintoki Sakata, jeune homme qui ne quitte pas son sabre de bois, décide de s'établir en tant que samouraï freelance. Il offrira ses services pour n'importe quel petit boulot pour lequel on voudra bien le payer. Il sera rejoint plus tard par ses amis Shinpachi et Kagura.

A l'ère Edo, le Japon a été conquis par des extraterrestres appelés Amanto, des créatures de formes diverses, mais toutes plus ou moins humanoïdes. Dès lors, une futurisation radicale tranchant avec le décor classique du Japon se met en place et les Amanto interdisent le port du sabre en public. Malgré tout, il en reste qui préfèrent conserver leur bushido, le code de l'honneur des samurai. Dans ce Japon complètement anachronique, subsistent ainsi des personnes qui refusent d'abandonneur leur sabre. Parmi eux, Gintoki Sakata, ancien samurai excentrique. Avec son comparse, Shinpachi Shimura et l'extraterrestre Kagura, ils forment un groupe d'"homme-à-tout-faire" prêts à tout pour pouvoir payer leur loyer.

Dans cet arc, alors qu'un mystérieux tueur en série terrorise les rues d'Edo, un forgeron va voir Gintoki et les Yorozuya afin de l'aider à retrouver un sabre démoniaque forgé par son père qui a été volé. S'il apparaît rapidement que ces deux affaires sont liées, quel est donc le lien avec la soudaine disparition de Katsura, et l'inquiétante réapparition du criminel et rebelle notoire Shinsuke Takasugi?