Kamina Ayato, jeune étudiant à Tokyo, part comme tous les jours à l’école avec ses amis : Asahina et Mamoru. Suite à l'accident de leur métro, Ayato se rend compte que Tokyo est en guerre contre un envahisseur inconnu. Guidé par un chant, Ayato rencontre Reika, une fille de son âge. À la première croisée de leurs regards, Ayato semble la connaître...