Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans…

Le gouverneur de Tokyo, fraîchement réélu, fait l'objet d'un attentat à la bombe dans le métro de la capitale. Conan parvient à empêcher une catastrophe mais ne réussit pas à déterminer le coupable. Il élabore toutefois une théorie selon laquelle le poseur de bombes serait originaire de la station de ski de Kitanosawa. Conan et sa bande se retrouvent donc en vacances à Kitanosawa, aussi bien pour la détente que pour l'enquête. Mais plusieurs évènements vont précipiter la résolution de l'énigme, qui impliquera notamment de sordides affaires que l'on croyait oubliées...