Peu de temps après la fin de la saison 1, Aichi rencontre un mystérieux garçon qui lui montre que sur la planète Cray, les leaders des clans Kagero, Royal Paladin et Dark Paladin ont été capturés. Lorsqu'il se réveille, son deck Royal Paladin a disparu, laissant place à un jeu Gold Paladin qui lui est totalement inconnu. Personne à part lui, pas même Kai qui jouait avant un jeu Kagero, ne se souvient avoir joué ces clans.
Un circuit de tournois Cardfight Vanguard réparti dans toutes les capitales d'Asie est alors annoncé, et l'organisateur n'est autre que le mystérieux garçon rencontré par Aichi. Celui-ci est dès lors résolu à gagner une étape du circuit afin de pouvoir rencontrer en personne le garçon et obtenir une explication.
Aichi, Misaki et Kamui se lancent alors à la conquête du circuit, prêts à affronter les meilleurs joueurs du monde.