À 19 ans, Keitarô échoue pour la deuxième fois au concours d’entrée à la prestigieuse université de Tôdai. Mis à la porte de chez lui, il se rend à la pension Hinata tenue par sa grand-mère Hina, qui lui lègue durant son absence la gestion de ce foyer pour filles. Commence alors une joyeuse vie de groupe, au gré de l’humeur de chacune des pensionnaires au caractère bien trempé...

Alerte à la pension Hinata, Keitaro est parti faire des fouilles archéologiques et pendant ce temps-là sa demi-soeur a pris la relève, instaurant un règne de terreur et d'hostilité au sein de la pension. Heureusement Keitaro finit par rentrer, et c'est ici que les choses se corsent : sa demi-soeur clame à corps et à cri qu'elle lui est destinée, alors même que ses rapports avec Naru n'en finissent plus de demeurer dans l'opacité...

Noël approche, et c'est alors que nos trois éternels bûcheurs de service, Naru, Mitsumi et Keitaro doivent persister encore dans leurs révisions afin de préparer leur concours. Cependant Keitaro, qui est comme on le connait, une personne se laissant aisément distraire. C'est alors au 24 décembre que la tradition de la fête de la romance commence et qui est l'occasion de déclarer sa flamme à la personne que l'on aime. C'est alors que Keitaro réserve la plus grosse surprise à Naru Narusegawa. Mais beaucoup de malentendus et quelques quiproquos vont les faire s'éloigner momentanément l'un de l'autre afin pour se faire peut être mieux de se retrouver.

Keitaro s'endort lors de l'examen d'entrée à Tôdai ! Il décide de s'isoler un peu, et part sur une ile déserte, là où il n'aura pas à annoncer sa défaite. Il y rencontre Nyamo, une jeune japonaise dont le grand-père archéologue est mort sur l'ile, laissant sa petite-fille seule, donc devenue une indigène. Les filles de Hinata s'inquiétant, elles décident d'aller le chercher. Mais, sur l'île, à chaque fois que Nyamo voit les filles, elle s'enfuit en emportant Keitaro avec elle. Nyamo finit par dévoiler à Keitaro qu'elle désire terminer les recherches de son grand-père : retrouver ParaRantisu, la cité des tortues...

Sortie de nulle part, Tsuroko, la sœur de Motoko, apparaît et est prête à passer le dojo à sa soeur. Cependant, Motoko n'est pas encore aussi forte que sa sœur et quand sa grande sœur l'apprend, elle donne un ultimatum : elle doit la battre ou de se marier avec Keitaro !

Love Hina Final Selection est un OAV résumant les 24 épisodes de Love Hina. Il est principalement centré sur la relation entre Keitaro et Naru.