Kotaro Takamiya, un éminent professeur de cybernétique, se fait enlever par une organisation terroriste au cours d'une exposition à Pékin. La "Mecanicae Imperium", désireuse de conquérir le monde, réunit en effet les cerveaux les plus brillants en vue de créer des robots effroyables dotés d'une volonté propre : les BT. Malgré les menaces, Kotaro décide toutefois de refuser de participer à l'élaboration de Rafaelo, dernière création en date de l'agence, dont la puissance et le pouvoir de destruction semblent sans limites. Alors que la Mecanicae Imperium s'apprête à prendre des mesures contre le scientifique récalcitrant, son frère Teppei apparaît pour le délivrer, chevauchant X, un BT lui aussi redoutable...