Le sanctuaire Ukishima est situé dans une vieille ville pittoresque au bord d'un lac. Kisaragi Saya, une jeune prêtresse du temple vit là avec son père, Tadayoshi. Le jour, elle vit la vie d'une lycéenne normale à l'académie Sanbara. Mais la nuit, elle chasse les "Anciens", des créatures possédant des aptitudes physiques surnaturelles qui prennent pour proies les humains et dont elle seule a la capacité de les vaincre.