Année 2009. Orphelin, Minato Arisato intègre le dortoir Iwatodai, dans la ville de Port-Island. Le soir de son arrivée, un curieux garçon l'attend et lui demande de signer un étrange contrat. A ce moment, rien ne parassait normal dans ce dortoir, et pour cause : les résidents de celui-ci sont tous aptes à déployer leurs Personae, des entités issues de l'inconscient de chacun. L'utilité d'un pareil pouvoir ? Lutter contre les Shadow, d'étranges créatures faisant irruption durant la Dark Hour, une heure cachée, située entre 00h00 et 00h01. La particularité de cette période est que seuls certains humains peuvent la vivre tandis que les autres sont réduits à l'état de cercueils. Ainsi, Minato ne tardera pas à éveiller lui-même sa Persona, faisant de lui un membre de la SEES, le comité d’exécution des Shadow comprenant les résidents du dortoir Iwatodai. Mais de bataille en bataille, notre hér

Après son sauvetage concluant, Fuuka Yamagaishi est désormais une membre des S.E.E.S et se trouve être d'une aide précieuse puisqu'elle remplacera Mitsuru Kirijo lors des déplacements dans Tartarus. Sa Persona ne combat pas mais donne beaucoup d'informations sur les ennemis et fera office de support aux combats. L'été bat son plein et les vacances arrivent. Mitsuru décide d'inviter toute l'équipe à passer quelques jours dans son manoir, sur l'île de Yakushima, pour profiter de la plage ! L'équipe des S.E.E.S va alors faire la rencontre de plusieurs personnes importantes, tels que de nouveaux membres mais aussi d'un groupe nommé Strega prêt à leur mettre des bâtons dans les roues !

On suit un jeune lycéen qui vient d'arriver à Tokyo après un malheureux incident. Très vite, il devra faire face à des évènements qui vont changer son quotidien lorsqu'il réveillera sa Persona. Au fur et à mesure, entre sa vie de lycéen la journée et celle de Voleur Fantôme le soir, il va découvrir des facettes obscures du monde qui l'entoure...

Episode spécial annoncé lors de l'event Tokyo Game Show 2015. L'histoire prend place à Tokyo où un groupe de personnes appelé les Voleurs Fantômes combat et réforme les cœurs corrompus des adultes.

Pour des raisons familiales, Narukami Yuu doit quitter sa ville natale pour aller vivre chez son oncle dans la bourgade d'Inaba. Dans cette petite ville campagnarde où les rues sont paisibles et le quartier commerçant désert, le centre commercial est devenu le repaire des jeunes de la ville. C'est dans cette campagne où le temps s'écoule paisiblement que Yuu s'apprête à débuter une autre vie auprès de ses nouveaux camarades de classe du lycée Yasogami... Cette tranquillité est bouleversé lorsque le cadavre d'une animatrice est retrouvé accroché à une antenne de télévision et qu'une brume d'origine inconnue encercle la ville. A voix basse, les jeunes se mettent à colporter une rumeur sur un phénomène étrange : le « Midnight Channel ». Les jours de pluie, regarder seul à minuit un téléviseur éteint ferait apparaître le reflet d'un autre individu. Ces événements étranges bouleversent peu à peu le quotidien de Narukami Yuu ainsi que celui de ses camarades.

'histoire se déroule 10 ans après la trame du jeu vidéo Persona 3, où le héros évitait la fin du monde provoquée par les "ombres", dans la ville d'Ayanagi, située proche de la Mer du Japon. Cette ville a été construite dans le but de pallier les dégâts causés par le fléau du "syndrome d'apathie", survenu dix ans plus tôt. Un lycéen, Shin Kanzato, et son jeune frère Jun, rentrent chez leur frère ainé Ryo, ce dernier est le chef de la police d'Ayanagi, depuis dix ans déjà. A ce moment, une série d'étranges événements se produisent dans la ville d'Ayanagi, tels que la soudaine disparition de l'équipage d'un submersible en plongée, l'apparition de syndromes latents survenus il y a dix ans et le cas du corps méconnaissable d'un élève ayant pris une horrible apparence. Serait-ce dû aux "ombres" se nourrissant de l'âme de leurs victimes ? Ryo traque l'organisation cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son Persona - projection corporelle astrale permettant de lutter contre les "ombres" - se faisant il est impliqué dans l'incident provoquant le réveil du "Persona" de Shin.