On suit Akira Kurusu, un jeune lycéen qui vient d'arriver à Tokyo. Très vite, il devra faire face à des évènements qui vont changer son quotidien lorsqu'il réveillera sa Persona. Au fur et à mesure, entre sa vie de lycéen la journée et celle de Voleur Fantôme le soir, Akira va découvrir des facettes obscures du monde qui l'entoure...

Il s'agit d'un épisode spécial qui conclura la série animée.

Episode spécial annoncé lors de l'event Tokyo Game Show 2015. L'histoire prend place à Tokyo où un groupe de personnes appelé les Voleurs Fantômes combat et réforme les cœurs corrompus des adultes.

Pour des raisons familiales, Narukami Yuu doit quitter sa ville natale pour aller vivre chez son oncle dans la bourgade d'Inaba. Dans cette petite ville campagnarde où les rues sont paisibles et le quartier commerçant désert, le centre commercial est devenu le repaire des jeunes de la ville. C'est dans cette campagne où le temps s'écoule paisiblement que Yuu s'apprête à débuter une autre vie auprès de ses nouveaux camarades de classe du lycée Yasogami... Cette tranquillité est bouleversé lorsque le cadavre d'une animatrice est retrouvé accroché à une antenne de télévision et qu'une brume d'origine inconnue encercle la ville. A voix basse, les jeunes se mettent à colporter une rumeur sur un phénomène étrange : le « Midnight Channel ». Les jours de pluie, regarder seul à minuit un téléviseur éteint ferait apparaître le reflet d'un autre individu. Ces événements étranges bouleversent peu à peu le quotidien de Narukami Yuu ainsi que celui de ses camarades.

'histoire se déroule 10 ans après la trame du jeu vidéo Persona 3, où le héros évitait la fin du monde provoquée par les "ombres", dans la ville d'Ayanagi, située proche de la Mer du Japon. Cette ville a été construite dans le but de pallier les dégâts causés par le fléau du "syndrome d'apathie", survenu dix ans plus tôt. Un lycéen, Shin Kanzato, et son jeune frère Jun, rentrent chez leur frère ainé Ryo, ce dernier est le chef de la police d'Ayanagi, depuis dix ans déjà. A ce moment, une série d'étranges événements se produisent dans la ville d'Ayanagi, tels que la soudaine disparition de l'équipage d'un submersible en plongée, l'apparition de syndromes latents survenus il y a dix ans et le cas du corps méconnaissable d'un élève ayant pris une horrible apparence. Serait-ce dû aux "ombres" se nourrissant de l'âme de leurs victimes ? Ryo traque l'organisation cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son Persona - projection corporelle astrale permettant de lutter contre les "ombres" - se faisant il est impliqué dans l'incident provoquant le réveil du "Persona" de Shin.

Dans une journée, il n'y a pas que vingt-quatre heures. A minuit, toutes les horloges s'arrêtent et commence une nouvelle heure coincée dans une autre dimension : la Dark Hour... Les humains ordinaires ne sont pas conscients de l'existence de cette Dark Hour, mais certaines personnes disposant du "Potentiel" sont capables d'y pénétrer. L'histoire débute lorsque Makoto Yûki, nouvel arrivant dans le quartier de Iwatodai, découvre que durant la Dark Hour son lycée se transforme en un gigantesque donjon, le Tartarus. Accompagné d'un petit groupe d'explorateur issus de son lycée, il va devoir gravir les innombrables paliers de la tour pour en percer le secret et sauver la ville des monstres qui y habitent.