Vingt-cinq ans se sont écoulés depuis que les deux ES-members, Éclair et Lumière, sauvèrent in-extremis la galaxie d'une destruction certaine. Le GOTT n'est plus, mais une nouvelle organisation le remplace : le GTO (Galatic Trade Organization). Cette organisation défend les mêmes intérêts que le GOTT et en reprend même les fonctions des fameux "Encounter of Shadow-work members", à la différence que ceux-ci sont sélectionnés parmi des candidats volontaires. Ascoeur et Q-feuille font parties de ces volontaires et travaillent dans un café au sein du GTO en attendant leur titularisation.

Nous sommes en 0328 SC (Stellar Century). Les différentes galaxies de l'univers ont été colonisée par l'homme. Le GOTT, installé à Aineas, est chargé de surveiller les activités économiques des différents pays et réguler le commerce illégal international. Pour cela, il fait appelle a des agents doués de pouvoirs surhumains appelés ES Members. Ces agents sont dirigés par Eclipse, directrice du GOTT, qui leur assigne leurs missions. Kiddy Grade raconte plus particulièrement l'histoire de deux de ces agents, Eclair et Lumiere. Ainsi, on les suit dans leurs différentes missions, qu'il s'agisse d'éviter des conflits interplanétaires, arrêter des criminels interstellaires ou enquêter sur des trafics mais ou bout de quelques épisodes, l'histoire se concentre sur un complot intérieur concernant le GOTT et la classe dirigeante de cette univers.