Le voyage de Suzume commence dans une ville tranquille de Kyushu (située dans le sud-ouest du Japon) lorsqu'elle rencontre un jeune homme qui lui dit : "Je cherche une porte". Ce que Suzume trouve, c'est une porte unique et usée par le temps qui se tient debout au milieu des ruines, comme si elle était protégée de toute catastrophe. Les portes commencent à s'ouvrir les unes après les autres dans tout le Japon, déchaînant la destruction sur tous ceux qui sont à proximité. Suzume doit fermer ces portails pour éviter d'autres désastres.