Jun Sakurada est un adolescent renfermé qui refuse de sortir de chez lui et d'aller à l'école. Il habite avec sa soeur, Nori Sakurada. Jun passe ses journées à acheter des objets sur internet, objets souvent inutiles, et à les renvoyer lorsque la période d'essai prend fin. Un jour, il reçoit un email étrange lui demandant s'il compte 'la' remonter ou pas, puis lui demandant de poser sa réponse dans son tiroir. Jun répond positivement et range le papier. Quelques temps après, Jun reçoit une poupée : Une Rozen Maiden. Il va la réveiller, et c'est alors qu'ils se font attaquer que Shinku, la poupée, demande à Jun de prêter serment. Shinku utilisera ses pouvoirs pour neutraliser l'ennemi. Jun apprend alors qu'il est lié à la poupée, qu'il est en quelques sortes son réceptacle de magie.

Deuxième saison de la série Rozen Maiden, cette dernière reprend là où la première s’était arrêtée. Jun, débarrassé de ses fantômes intérieurs, décide durant l’été d’étudier pour la rentrée. Par la même occasion, il profite de ses longues heures passées à la bibliothèque de l’école pour faire des recherches sur les Rozen Maiden. Shinku, de son côté, se remet difficilement de son dernier combat et remet presque en cause sa place dans le AliceGame. Apparaît soudain Bara Suishou, la septième et dernière Rozen Maiden, bien décidée à reprendre le jeu là où ses sœurs l'ont laissé.

Dans le prolongement de Rozen Maiden, l’histoire commence avec notre héro, Jun, plus âgé, qui est devenu étudiant universitaire. Parallèlement à ses études, le jeune homme travaille dans une librairie dans laquelle il trouve un exemplaire du premier numéro du magazine « Comment confectionner une poupée » offrant en plus une clef à remontage. À peine rentré chez lui, il commence à recevoir par la poste d’autres exemplaires du même magazine. Chaque numéro contient en cadeau une nouvelle partie du corps d’une poupée à monter soi-même. Un jour, après avoir mis beaucoup d’efforts dans l’assemblage de la cinquième poupée, Rozen Maiden Shinku, il reçoit une lettre lui indiquant que la publication de son magazine est interrompue, le laissant avec une poupée incomplète. Soudain, il reçoit un texto provenant de son ancien numéro de téléphone. Cette personne prétend être Jun lui-même demandant de l’aide contre la septième poupée, Rozen Maiden Kirakisho…

Dans Rozen Maiden, Inspecteur Kunkun est une série TV mettant en scène des marionnettes, dont Shinku ne peut manquer un épisode. Cet épisode spécial de sept minutes fait partie du jeu de PS2 Rozen Maiden Duellwalzer, et raconte une des enquêtes loufoques de Kunkun. Pendant un fête, le détective Kunkun doit résoudre le mystère de la pierre rare nommée Tiara Bleue de Mme Lapin, qui a été volée.