Imaginez une ville allemande du 19ème siècle, enfermée sur elle même, où réalité et légende se côtoient, vous aurez l'ambiance du dessin animé Princess Tutu.
Tout a commencé avec un homme qui est mort sans avoir achevé son ultime histoire et dont les principaux personnages se sont échappés et ont prit corps dans la ville de Kinkan. Le prince qui poursuivait le "monstre corbeau" a brisé son coeur pour pouvoir l'enfermer dans la ville et éviter qu'il étende le mal sur le monde. Il a été lui aussi condamné à rester dans cette ville, mais sans plus avoir aucun sentiment. Il ignore ce qu'est la faim, la solitude, la tristesse et tout ce que l'on peut ressentir, y compris bien évidement l'amour ! De ce fait tout lui est indifférent, il ne sourit jamais (puisqu'il ne connait pas la joie) et il obéit aveuglement à tout ce que peuvent lui dire de faire Rue, celle qui l'aime, et Fakia dont la famille l'a recueilli et lui a donné le nom de Mute (le muet en anglais).

Mute, Fakia et Rue sont élèves à la section ballet de l'académie artistique de la ville, discipline dans laquelle Rue et Mute sont excellent. Dans la même section se trouve Ahiru, une élève maladroite en danse et quelque peu étourdie.Comme son nom l'indique en Japonais, Ahiru est en réalité un canard qui a vu un jour le prince danser sur les bords de son lac. Elle est tombée amoureuse de lui et rêve de lui rendre le sourire qu'il a perdu. Sur ce apparait Drosselmeyer, l'écrivain de l'histoire qui lui donne un médaillon lui permettant de devenir une petite fille et de se transformer en Princess Tutu qui seule peut rechercher les sentiments égarés du prince et les lui rendre afin de reconstituer son coeur.

Petit à petit, Tutu retrouve les sentiments chez les différents habitants de Kinkan pour qui ils sont devenus une obsession. Le médaillon qu'Ahiru porte autour du cou réagit à la présence de sentiments et en dansant elle les convainc de retourner à leur pro