Le sergent Keroro, est une grenouille verte extraterrestre coiffée d'une casquette à rabats, qui a reçu l'ordre de l'avant-garde d'envahir la Terre par son peuple. Pauvres de nous... ?! En fait pas vraiment car il devra d'abord réussir à convaincre la famille Hinata qui l'a recueilli, et étant ainsi prisonnier, car il a été pris en flagrant délit en train de s'infiltrer chez eux. Bref, cette invasion, ce n'est pas gagné car Fuyuki, le jeune garçon de la famille lui a pris sa Keroball, lui permettant de contacter le vaisseau-mère, et a même perdu ses compagnons sur cette vaste Terre ! De leur côté, les frère et soeur Fuyuki et Natsumi Hinata auront toutes les peines du monde à l'adopter et à éviter les catastrophes que Keroro ne manque pas de provoquer !

Fuyuki Hinata et la bande de Keroro étaient en train d'explorer un temple abandonné dans les montagnes de Machu Picchu au Pérou. Durant l'exploration, le groupe découvre une chambre cachée avec un énorme cristal bleu au beau milieu de la pièce, sur un stand avec une clé insérée à l'intérieur. Keroro fait pencher la clé, causant la pièce à activer une mystérieuse machine, ce qui fait vibrer le temple tout entier. Le sergent ne se serait pas douté que cela les mènerait vers une étrange aventure, sans compter une confrontation contre un double maléfique de lui-même !

Alors qu'ils retournaient tranquillement chez eux dans leur petite vie quotidienne.Keroro et Fuyuki sur le chemin s'achètent des Gundams par plaisir, ils trouvent étrangement un petit sanctuaire qu'ils n'avaient jamais vu auparavant. Ainsi, en voulant faire un don pour le sanctuaire, Keroro laisse maladroitement échapper sa petite pièce à l'intérieur de celui-ci, en forçant nos deux héros à y pénétrer. À l'intérieur, ils découvrent un orbe rougeoyant que Keroro endommage accidentellement, le lendemain, le peuple reçoit un "X" sur le front, ou autre, grâce à ce pouvoir, les gens peuvent communiquer dans leurs pensées par télépathie, cette étrange communication douteuse s'appelle donc : "Revocommi". Le lendemain, Keroro découvre un "X" rouge sur son visage qui semble donner un étrange pouvoir. Mais un Keron très dangereux qui se nourrit de la pensée de tout le monde, grossit de plus en plus de ses pouvoirs, pour parvenir à détruire la Terre.

Le Sergent Keroro et son équipe sont désormais bien habitués à la vie sur Terre, même s'ils continuent régulièrement de mijoter quelques projets d'invasion. C'est alors qu'un autre envahisseur débarque, bousculant les plans de notre grenouille extraterrestre...

keroro! A brand-new campaign to invade Pekopon begins!! Sergeant Keroro, who is ”58th Planet of the Gamma Planetary System, Space Invasion Army Special Tactics Platoon Leader,” infiltrates the Hinata family's home as a preparatory stage to conquer Earth, but is easily captured by Fuyuki and Natsumi due to his inherent incompetence. Keroro ends up staying in the home of the Hinata family thanks to Fuyuki's generosity, or perhaps simply out of his curiosity. As they pass the days keroro and his four subordinates together plot to conquer Earth, or maybe not.