Kamui is a ninja from the Edo period who has decided to leave his clan. After doing so he is pursued relentlessly by the members of his former clan; who consider him to be a traitor and therefore wish to kill him. Kamui then wanders around Japan to escape from them by using his intelligence and great abilities to survive. In the course of the series Kamui begins to suffer from paranoia because of his status as a persecuted man. Kamui then started to believe that everybody wished to murder him and became distrusting of everyone he came across.

Suite du manga Kamui Den.

À l'époque d'Edo, les destins de trois jeunes garçons vont se croiser. Kamui est un enfant de hinin, la classe des « non humains », il s'engage dans la voie des ninjas. Mais en quête de liberté il va s'enfuir de son clan et devenir un nukenin, un ninja déserteur, traqué et menacé de mort. Shôsuke est issu d'une famille de serviteurs et veut devenir agriculteur. Quant à Ryûnoshin, il est fils de guerrier et souhaite venger sa famille qui a été assassinée par un seigneur. Shôsuke provoquera une révolte et sera le seul épargné, Ryûnoshin deviendra rônin, un samouraï sans maître. Tous vont devoir grandir en surmontant les difficultés et en se heurtant au système d'une époque féodale.