À l'époque d'Edo, les destins de trois jeunes garçons vont se croiser. Kamui est un enfant de hinin, la classe des « non humains », il s'engage dans la voie des ninjas. Mais en quête de liberté il va s'enfuir de son clan et devenir un nukenin, un ninja déserteur, traqué et menacé de mort. Shôsuke est issu d'une famille de serviteurs et veut devenir agriculteur. Quant à Ryûnoshin, il est fils de guerrier et souhaite venger sa famille qui a été assassinée par un seigneur. Shôsuke provoquera une révolte et sera le seul épargné, Ryûnoshin deviendra rônin, un samouraï sans maître. Tous vont devoir grandir en surmontant les difficultés et en se heurtant au système d'une époque féodale.