Kei souffre d'une maladie très rare. Lors d'une de ses crises, il tombe dans un coma pouvant durer quelques instants jusqu'à plusieurs années. L'un d'eux l'a cloué dans un lit durant 2 ans. âgé de 18 ans, il entre seulement cette année au lycée et cache son problème à ses nouveaux camarades. Mais il va vivre une expérience bien plus surprenante en découvrant un vaisseau spatiale au-dessus du lac près de chez lui. C'est ainsi qu'il rencontre Mizuho, un agent intergalactique en mission d'information. Il parvient à lui échapper, mais le lendemain, il se retrouve nez à nez avec elle en pleine classe : elle est devenue son professeur principal !

Kei et Mizuho sont désormais officiellement unis mais leur relation n'a pas pour autant évolué. La famille de Mizuho choisit ce moment pour débarquer au sein du couple et y semer la pagaille. Pour le plus grand déplaisir de Mizuho, sa sœur et sa mère ont décidé de s'emparer de son protégé pour déclencher une course poursuite qui s'achèvera dans un Love Hotel en compagnie de Kei...

Spécial inclu dans les DVD d'Onegai Teacher.

Kamishiro Maiku est un garçon qui a été abandonné par ses parents. Il n'a comme souvenir de son passé qu'une simple photo représentant deux enfants en train de jouer dans une piscine gonflable devant une maison. Cette maison, Maiku a décidé d'y habiter. Grâce à l'argent qu'il gagne en faisant de la programmation, il parvient à y vivre tout seul. Un jour, une jeune fille arrive à sa porte et lui montre la même photo que celle qu'il a de son enfance: il semblerait que ces deux-là soient frère et soeur, mais tout devient confus lorsqu'une troisième jeune fille arrive et montre elle aussi la même photo...

Deux semaines après avoir appris la vérité, la vie à repris son cours pour Maiku, Miina et Karen. Mais la jumelle de Maiku est de plus en plus possessive avec son frère, et la tension monte peu à peu dans la petite maison.

Une heure d'OAV récapitulant l'intrigue de la série originale : Onegai Teacher. Aussi livré avec la sortie de la BD Onegai Teacher.