Le passé de Yamato. L’homme qui voulait la tête d’un empereur.

Luffy et son équipage débarque sur Logue Town: l'endroit où est né et mort le seigneur des pirates, Gold Roger. Luffy cherche absolument le lieu de son exécution. Mais il ne se doute pas que Logue Town est une ville dont aucun pirate n'a pu partir une fois dedans. En effet, le redoutable Capitaine Smoker veille...

Zoro a fait la rencontre d'une jeune fille très douée avec les sabres. Malheureusement pour lui, elle fait partie des Marines et se révèle être une collègue de Capitaine Smoker. Pour le moment, Zoro est la quête de deux nouveaux sabres, c'est tout ce qui lui importe...

Suite à des circonstances particulières, Usopp se voit contraint de faire un duel contre un homme connu de tous les pirates: Daddy. Ce dernier est un proche du Capitaine Smoker et lui aussi un ancien marine. Autant dire que notre ami Usopp se trouve dans de beaux draps !

Sanji se voit lancer un défi lui aussi: une jeune et belle femme du nom de Carmen l'invite à concourir contre elle pour devenir le meilleur de chef de tout l'East Blue. Sanji se décide finalement à participer au concours quand il vit le trophée en jeu: un poisson très rare qui a des traits d'éléphant...

Luffy retrouve le chemin du lieu d'exécution de Gold Roger. Au même temps, une voix de femme l'apostrophe: il s'agit d'Alvida, la pirate pour qui travaillait Coby au début de la série. Cette dernière est cependant méconnaissable après avoir mangé un Fruit du Démon. Elle présente alors son partenaire, lui aussi une vieille connaissance de Luffy, le Capitaine Buggy!

Luffy a réussi par un coup de chance à échapper à Buggy. Mais ses ennuis ne vont s'arrêter pour autant, puisque le Capitaine Smoker est à ses trousses. Pendant ce temps, Zoro affronte le Major Tashigi, qui ressemble comme deux gouttes d'eau à son amie d'enfance...

L'équipage de Luffy trouve dans la mer une mystérieuse fillette. Elle s'appelle Apis et dit avoir pris la fuite des Marines... Ces derniers vont rapidement faire leur apparition pour la récupérer!

Nos héros ont décidé de ramener Apis dans son île d'origine. Là-bas, ils découvriront le secret de la fillette et les raisons qui poussent les marines à la capturer.

Luffy et sa bande ont pris la décision de donner un coup de main à Apis et de ramener son dragon, Ryuuji, dans son île originelle. Cette dernière porte bien son nom puisqu'elle s'appelle Lost Island et qu'elle ne se trouve sur aucune carte...

L'équipage du Going Merry prend finalement la direction de Lost Island, car Ryuuji vient de se souvenir de son emplacement. Pendant ce temps, les Marines dirigés par Erik remarquent ce changement de cap et décident de faire barrage à nos héros.

L'équipage de Luffy parvient à Lost Island avec à son bord le dragon. Mais rapidement, nos héros comprennent que l'endroit où doit reposer Ryuuji ne se trouve pas là...

Le Going Merry se fait bloquer par l'énorme flotte de l'Amiral Nelson, qui souhaite plus que tout dérober le dragon pour obtenir la jeunesse éternelle. Malheureusement pour lui, Erik compte bien prendre tout le butin sans en partager une miette !

Luffy n'a pas l'intention de laisser l'Amiral Nelson et Erik s'emparer de Ryuuji. De plus, le dragon commence à perdre ses forces et on ne trouve toujours pas Lost Island...