Chopper en danger ! L'ancien dieu face au prélat Shura.

L'équipage vient à la rescousse d'un homme qui a plusieurs apparences à l'approche d'Alabasta.

L'équipage accoste à Alabasta avec très peu de temps pour arrêter la rébellion. Sanji et Chopper sont chargés de rassembler des vivres en vue d'un dangereux voyage à travers le désert.

Pendant leur séjour à Nanohana, les chapeaux de paille rencontrent Smoker et Tashigi. Un puissant pirate nommé Portgas D. Ace apparaît et se révèle être le frère aîné de Luffy.

Les joyeuses retrouvailles d'Ace et Luffy sont brutalement interrompues par les Billions de Baroque Works.

Avant de pouvoir commencer leur traversée du désert, Luffy et son équipage sont arrêtés sur le rivage par les mignons - mais redoutables - Kung Fu Dugongs.

L'équipage de Luffy croise des oiseaux perfides et des plantes carnivores pendant leur odyssée dans le désert, et juste au moment où ils pensent que la voie est libre, un grand danger émerge de sous le sable.

Les chapeaux de paille croisent la route des Balbaros, les pirates du désert, et une belle mésaventure arrive à Ace quand il se retrouve séparé du groupe.

La princesse Vivi élabore un plan pour tester la motivation d'un gang de soi-disant rebelles.

L'équipage continue leur voyage vers Yuba où des retrouvailles aigres-douces avec un ami d'enfance attendent la princesse Vivi.

Ace découvre que Barbe Noire n'est pas à Alabasta après tout, et quitte le groupe pour continuer à le chercher. Il laisse à Luffy un mystérieux morceau de papier, expliquant qu'il les laissera se revoir.

Zoro, Chopper et Luffy parviennent à se perdre et à tomber sur d'énormes ruines souterraines.

Les assassins de Baroque Works se rassemblent au Spiders Café, et les chapeaux de paille arrivent à Yuba et s'aperçoivent qu'elle est complètement ensablée.

Crocodile se présente aux assassins de Baroque Works et révèle ses desseins diaboliques pour Alabasta. Après avoir quitté Yuba, Luffy prend des positions qui forcent Vivi à réévaluer sa mission.

L'équipage se dirigent vers Rainbase pour affronter Crocodile. Kaloo atteint finalement le palais et donne l'avertissement de Vivi au roi Cobra.

Luffy mène un raid sur le casino de Crocodile. Son manque de préparation le fait atterrir derrière les barreaux avec le colonel Smoker.

Pendant que les chapeaux de paille sont en taule, le roi Cobra s'adresse au peuple affamé de Nanohana.

L'imposteur royal a poussé l'armée rebelle à vouloir mettre fin à tout prix au règne de Cobra. Pendant ce temps, Luffy et ses camarades se retrouvent dans les ennuis jusqu'au cou, et même au-delà.

Sanji intervient à la dernière minute pour forcer les crocos à expulser la clé de la cage de Luffy, mais les voraces reptiles crachent autre chose à la place.

Crocodile arrache Vivi du dos d'un crabe géant, mais Luffy ne le laisse pas faire. L'homme élastique va se mesurer à l'homme des sables dans un combat qui s'achèvera dans un bain de sang.

Luffy est laissé pour mort par Crocodile, mais est aidé par la mystérieuse Miss All-Sunday. Le reste des Chapeaux de Paille atteignent Alubarna.

La bataille décisive est sur le point de commencer à Alubarna. Sanji, Vivi, Chopper, Nami, Zoro et Usopp arrivent dans la ville déguisés. Ils sont repérés par les Agents Officiels qui se séparent pour les contrecarrer. Vivi tente d'arrêter les émeutiers mais, sans être entendue, risque d'être dépassée. Karl la protège et lui sauve la vie.

Les tentatives de Vivi pour arrêter l'armée rebelle sont vaines, et elle est attaquée par M. 2 Bon Clay, mais parvient à s'échapper. Pendant ce temps, la bataille entre Usopp et Chopper contre l'équipe Mr. 4 commence.

Les choses semblent désespérées pour Usopp et Chopper car ils continuent de souffrir de chaque attaque lancée par l'équipe Mr.4. Cependant, le vent pourrait commencer à tourner à mesure qu'Usopp apprend ce que signifie vraiment être un homme.

Bien que sévèrement battus et meurtris, Usopp et Chopper ont finalement vaincu l'équipe Mr.4. Cependant, M. 2 a compris la faiblesse de Sanji.

Bien que M. 2 découvre la faiblesse de Sanji, Sanji bat toujours son adversaire après un combat à égalité. Pendant ce temps, avant que Vivi puisse donner l'ordre de faire sauter le palais, Crocodile apparaît.

Nami affronte Miss Doublefinger et essaie en même temps de découvrir sa nouvelle arme, le Klima Takt (Climate Baton).

Tandis que Crocodile révèle à Vivi l'ancienne arme Pluton, Nami tente de vaincre Miss Doublefinger avec son attaque la plus puissante : le Tornado Tempo.

Alors que le combat de Miss Doublefinger avec Nami était difficile, Zoro a encore plus de mal à combattre M.1 : un homme qui peut changer tout son corps en acier - quelque chose que Zoro ne peut pas couper. Alors que Zoro approche de la mort, il doit découvrir le secret du « souffle de toutes choses ».

Lorsque Vivi révèle le plan de Crocodile à Kohza, il tente d'arrêter les combats, mais est abattu. Crocodile révèle qu'il a installé une énorme bombe dans la ville.

Alors que Kohza tente d'arrêter l'armée rebelle, les deux camps se battent à nouveau grâce à l'intervention de Baroque Works. Vivi est jetée vers une mort certaine lorsque Luffy la sauve et défie Crocodile à un deuxième tour.

Luffy combat Crocodile avec plus de succès cette fois en utilisant de l'eau, mais perd quand même ce round. Pendant ce temps, les autres Chapeaux de Paille se dépêchent de localiser la bombe avant qu'elle n'explose. Nico Robin oblige le roi à l'emmener au tombeau où est caché le Poneglyphe Pluton.

Crocodile rejoint Robin dans la tombe et lui ordonne de traduire le Ponéglyphe. Robin lui dit que Pluton n'a pas été mentionné et qu'il s'agissait uniquement d'histoire, mais Crocodile comprend qu'elle mentait et la poignarde en réponse. Lorsque Luffy se remet du dernier round de combat, il poursuit Crocodile dans la tombe.

Luffy se bat avec Crocodile en utilisant du sang sur ses poings. Pendant ce temps, Vivi trouve la bombe et rassemble les Chapeaux de Paille.

Vivi trouve la bombe à l'intérieur de la tour de l'horloge, mais la paire d'œuvres baroques de M. 7 est là pour la protéger. Vivi les vainc, mais elle se rend compte que la bombe ne peut pas être arrêtée si facilement.

Luffy bat Crocodile en le frappant à travers un substrat rocheux solide. Lorsque Crocodile tombe, les gouttes de pluie calment les soldats.

Maintenant que la bataille est terminée, l’issue est connue. Igaram apparaît avec la preuve de l'innocence de Cobra, ainsi que Kohza qui raconte tout. Tashigi et Smoker sont tous deux récompensés pour avoir affronté Crocodile, mais aucun d'eux ne pense que c'est juste, étant donné que les pirates du Chapeau de Paille ont fait tout le travail.

Luffy est sauvé de la tombe effondrée où il a combattu Crocodile et amené dans le palais de Cobra pour se reposer. A son réveil, un magnifique banquet est organisé pour les pirates, puis les Chapeaux de Paille sont invités à profiter du hammam thermal à l'intérieur du palais.

C'est le jour du discours de Vivi et de sa décision de continuer ou non à être avec les Chapeaux de Paille. Pendant ce temps, Bon Clay et son équipage tentent de protéger les Chapeaux de Paille de Hina.

Les Marines échouent encore une fois à attraper les Chapeaux de Paille. Après avoir échappé aux Marines, Nico Robin (Mme All Sunday) apparaît de l'intérieur du navire des Chapeaux de Paille.