Shanks entre en scène ! Prémice d’une ère qui déraille.

Les primes qui pèsent sur les têtes de l'équipage au chapeau de paille sont révélées. Pendant ce temps, Crocodile et Mihawk, le plus grand sabreur au monde, rendent visite à Baggy pour évoquer leur nouvelle organisation, Cross Guild.

Le colonel Kobby de la Marine se rend sur l'île des femmes afin de mettre aux fers l'Impératrice pirate, Hancock, avec les nouveaux Pacifistas. Pendant que les soldats affrontent les pirates Kuja, Barbe Noire intervient et s'en prend à Hancock.

L'affrontement tripartite entre la Marine, l'équipage de Barbe Noire et l'équipage Kuja est interrompu par l'arrivée d'une tierce partie inattendue. Sur le Sunny, l'équipage au chapeau de paille évoque les récents événements tout autour du monde. Luffy dit alors quelque chose qui prendra les autres membres de l'équipage par surprise.

Le quartier général de la Marine intercepte l’appel entre Sabo et l’Armée Révolutionnaire, localisant ainsi le fugitif. Quelques jours plus tard, en traversant une mer glaciale, les membres de l’équipage doivent faire face à un phénomène climatique inattendu qui les transporte sur une île des plus énigmatiques.

Luffy et Chopper coulent dans l'eau gelée et tumultueuse avec la mystérieuse fillette. Jinbe essaie de les aider, mais la créature non identifiée attaque à nouveau. Pendant ce temps, le Sunny est touché par des torpilles, ce qui envoie le reste de l'équipage tout droit dans la mer.

Provoquant la surprise générale parmi les membres de l'équipage, une jeune femme émerge du colosse mécanique, proclamant être le Docteur Végapunk, . Entre-temps, Luffy, Jinbe, Chopper et Bonney parviennent à la surface de l'île, où s'érigent des édifices au design futuriste, tandis que d'énigmatiques créatures gigantesques déambulent auprès d'eux.

Luffy et ses compagnons sont en extase d’avant les machines futuristes quand le portrait craché de Bartholomew Kuma attaque. Alors que Luffy s’apprête à l’attaquer, Boney riposte aussitôt, à la grande stupéfaction de tous. Incapable de réprimer davantage ses émotions, la jeune femme révèle alors au grand jour le lien improbable l’unissant à Kuma.

Sur les côtés de Winner Island, Trafalgar Law se retrouve aux prises avec Barbe Noire et les membres de son équipage. Toutefois, ces derniers se révèlent être de terribles adversaires et ne laissent aucun répit à leurs ennemis. Law met alors au point une stratégie, espérant ainsi y réchapper sain et sauf.

Pendant que Law tente de résister à Barbe Noire, Pudding, fait prisonnière par Kuzan et Van Augur, fait appel à son troisième œil. En parallèle, sur Egg Head, Luffy, Chopper et Jinbe subissent les affres du fruit du Démon de Bonney. Alors que ces derniers tentent de calmer la jeune fille, ils en apprennent davantage sur le passé de son père.

Sur Egg Head, le groupe de Sanji parvient à se faufiler non sans mal à l’intérieur du laboratoire de Végapunk, sans se doute qu’un comité d’accueil les y attend. Pendant ce temps, Luffy et ses compagnons font une surprenante découverte quant à l’île.

Après leur avoir révélé la place qu’occupe Egg Head, Shaka délivre à Luffy et à son équipage la véritable histoire de l’île ainsi que des découvertes qu’il a pu faire jusqu’à présent.

Shaka révèle les secrets de la fondation de l'Armée révolutionnaire, et les conséquences pour cette organisation des relations entre Végapunk et Dragon. Pendant ce temps, Végapunk décrit son Fruit du Démon et le fonctionnement de ses clones à Luffy et ses compagnons.

Végapunk demande à Luffy de l'embarquer loin d'Egghead, après lui avoir révélé la stupéfiante histoire du robot géant antique. Rob Lucci et ses camarades du Cipher Pol arrivent sur l'île et demandent la permission d'amarrer leur navire au port.

Alors que Végapunk exprime son souhait de quitter Egg Head en vue de concrétiser le rêve qui l’anime depuis tant d’années, les membres du CP-0 arrivent sur l’île afin de constater si la disparition des navires du Gouvernement mondial ne serait pas due à une malveillance de la part de l’éminent scientifique. Mais la venue de Rob Lucci et de ses confrères ne se fait pas sans heurt.

La découverte de la maltraitance dont a fait preuve Lucci à l’égard d’Atlas provoque l’ire de Luffy, qui attaque sans sommation ce dernier. En parallèle, au Q.G. de la Marine, Sakasuki, informé des évènements se déroulant sur l’île d’Egg Head, somme Sentomaru d’intervenir pour stopper les agissements du CP-0.

Végapunk explique à l'équipage par quel moyen il a conféré des capacités issues de Fruits du Démon à ses Séraphins. Sur la terre ferme, Luffy affronte toujours un Lucci transcendé par sa forme éveillée, plus sauvage, alors que la fusée pour le laboratoire va bientôt décoller.

Sentomaru inconscient, le CP-0 possède désormais un contrôle total sur les Séraphins. Pendant ce temps, sur Egghead, Végapunk et ses satellites finalisent les préparatifs de leur évasion avec l’équipage. Malheureusement, la désactivation du Frontier Dome donne l’occasion aux membres du Cipher Pol de pénétrer au sein du laboratoire.

Sur le point de finaliser leur évasion, l’équipage du Chapeau de Paille constate que Végapunk manque à l’appel. Poursuivi par Bonney, celle-ci, folle de rage, lui ordonne de faire revivre son père. En parallèle, dans le Nouveau Monde, alors que l’équipage de Kid arrive à Erbaf, Garp et Hermep mettent le cap sur l’Île des Pirates afin de libérer Koby.

Désormais aux mains de Bonney qui le somme de lui révéler la vérité, Végapunk refuse de trahir la promesse faite à son ami, de peur de causer une souffrance innommable à sa fille. Pendant ce temps, Sanji et Franky, accompagnés de Lilith et d’Edison, se rendent dans la salle de contrôle afin de stopper les Séraphins. Zoro, quant à lui, poursuit son affrontement contre Kaku.

Premier clone créé par MADS, Sussy Buckingham neutralise Kaku, avant de devoir faire face à Lucci, furieux d’avoir été trompé. En parallèle, tandis que les membres de l’équipage, Edison et Lilith tentent de stopper les Séraphins, sur l’île du Sphinx, Marco rencontre un mystérieux personnage.

Remis partiellement de ses blessures, Sentomaru envoie de multiples Pacifistas Mark III sur l’île pour anéantir les agents du CP-0. Tandis que Luffy et Zoro sont chargés de la surveillance de Lucci et Kaku, Shaka mandate les autres membres de l’équipage afin qu’ils partent à la recherche du Dr Végapunk, porté disparu.

Bonney regarde les douloureux souvenirs de son père. Pendant ce temps, au laboratoire, Shaka s'aperçoit que quelqu'un coupe les communications et les caméras de surveillance.

York pétrifiée, S-Snake attaque Usopp, Franky, Lilith et Pythagore qui ne parviennent pas à arrêter le satellite. Simultanément, Luffy, Zoro, Lucci, Kaku et Shaka subissent de plein fouet l’offensive de S-Bear et S-Hawk qui ne semblent plus être conscients de leurs actions. À la grande surprise de tous, les membres du CP-0 font alors une proposition inattendue.

Lucci et Kaku du CP0, venus en mission à Egghead pour éliminer les sept Végapunk, demandent à Luffy et Zoro de les libérer pour combattre les Séraphins à leurs côtés. Évidemment, Luffy et Zoro ne l'entendent pas de cette oreille.

L'équipage et le CP0 attaquent les Séraphins, mais ceux-ci se défendent plus que bien. Zoro se remémore alors un de ses anciens adversaires, à qui le Séraphin ressemble beaucoup. Pendant ce temps, Shaka va vérifier une salle où Stella pourrait être détenu.

Stussy et Sentomaru discutent de la menace qui plane sur Egghead, alors que l'équipage continue de se battre contre les Séraphins, devenus incontrôlables. Pendant ce temps, dans un laboratoire souterrain, quelqu'un approche de Végapunk, retenu prisonnier.

Sur les côtes d’Erbaf, le maître des mers, Shanks le Roux, se confronte au téméraire capitaine de la Génération terrible, Eustass Kidd. Pendant ce temps, à Egghead, alors qu’un navire de Barbe Noire s’approche de l’île, la vérité sur York est enfin dévoilée.

Sur l’île aux pirates de Ruche, Kobby, aidé par Perona, réussit à s’évader de son cachot en compagnie d’esclaves. Toutefois, leur fuite est rapidement compromise par l’équipage de Barbe Noire qui finit par les prendre en chasse et les acculer.

En dépit d’un débarquement tonitruant, Garp et son équipage se retrouvent désormais aux prises avec le commandant du dixième navire de la flotte de Barbe Noire, Kuzan, l’ancien amiral de la Marine. Pendant ce temps, sur Winner Island, l’Empereur, parvenu à défaire Law, s’apprête à l’anéantir afin de lui dérober les pouvoirs de son Fruit du démon.

Un an après son affrontement contre Sakazuki, Kuzan rencontre Barbe Noire et son équipage dans une taverne. Quelles révélations a-t-il faites au nouvel Empereur après avoir quitté la Marine ? Désormais commandant de la dixième flotte de ce dernier, l’ancien amiral s’oppose à son ex-mentor, Garp, venu porter secours à Kobby. Pendant ce temps, sur l’île de Winner, Law est sur le point de succomber aux blessures que lui a infligées Barbe Noire.

À la suite de l’assassinat du vice-amiral T. Bone par un civil, la Marine considère que la Cross Guild doit être annihilée. Sans se douter un seul instant que l’existence de son organisation est menacée, Baggy se remémore sa jeunesse, ses espérances passées et sa relation avec Shanks. Redevenu l’égal de ce dernier, il ose de nouveau rêver et dévoile publiquement son ambition. En parallèle, au royaume de Kédétrav, Sabo révèle à Dragon et Ivankov la vérité sur les événements survenus à Marie-Joie.

Sabo commence son rapport à Dragon et Ivankov sur la mission de l'armée révolutionnaire à Marie-Joie et sur le fait qu'ils ont atteint tous leurs objectifs. Dragon et Ivankov s'estiment satisfaits des retombées internationales de cette opération, bien que Dragon estime que les chevaliers divins vont intervenir tôt ou tard. Alors qu'ils demandent à Sabo quelle est la vérité au sujet de la mort du roi Cobra, un flash-back remontant un mois plus tôt commence, lorsque la Rêverie était en cours. Tandis que Corbeau et Morley combattaient respectivement les amiraux Fujitora et Ryokugyu, Lindbergh se chargeait de sauver des esclaves pendant que Sabo cherchait les clés des colliers de ces derniers. Alors que Vivi était toujours préoccupée par la sécurité de Shirahoshi, Cobra se préparait pour sa rencontre avec les cinq doyens.

En pleine infiltration dans le château de Pangée, Sabo et Bonney élaborent une stratégie quant au sauvetage de Kuma. En parallèle, Cobra tente d’obtenir des informations sur la signification du « D » et de son ancêtre, l’un des membres fondateurs du Gouvernement Mondial.

Stupéfait de découvrir une présence sur le trône vacant, Cobra commence à entrevoir la vérité sur le monde et se prépare à affronter la mort. Conscient de l’inéluctabilité de son destin, il confie à Sabo le secret de sa famille, gardé précieusement depuis huit cents ans.

Tandis que la Rêverie s’achève, Vivi, Wapol et Sabo tentent désespérément de s’évader de Marie-Joie, plongé dans le chaos. Si ce dernier doit à tout prix rentrer à Lulusia afin de délivrer le message crucial laissé par le roi Cobra avant sa mort, Imu ordonne simultanément aux Cinq Doyens de capturer la princesse Nefertari, quel qu’en soit le prix.

Sur Ruche, l'île des pirates, le vice-amiral Garp, venu sauver Kobby, croule sous les assauts d'innombrables pirates. Pendant que les autres soldats de la Marine et lui tentent de fuir l'île, Kuzan, un ancien amiral, leur barre la route.

Avalo Pizarro, qui s'est mélangé à l'île des pirates, lève sa main géante en vue d'écraser le bâtiment de la Marine, et avec lui, les nombreux soldats et civils à son bord. Garp, blessé, donne des ordres à Kobby, Hermep et au prince Gles, avant de donner un coup de poing ravageur afin de sauver le bateau.

Tandis que les journaux annoncent à la une la disparition de Garp et le retranchement de Luffy, un séisme d’une ampleur colossale ravage simultanément plusieurs régions du monde. Non loin de là, une imposante flotte de la Marine, dirigée par l’amiral Kizaru, stationne au large d’Egghead. C’est alors que ce dernier surprend une communication entre York et Marie Joie, révélant l’existence d’un accord secret.

Le laboratoire étant encerclé par la flotte de la Marine, Luffy et ses acolytes doivent élaborer un plan pour s'échapper de l'île. Cependant, le système de défense laser, le Frontier Dome, nécessite un code secret uniquement connu de York pour être désactivé.

L’arrivée de l’amiral Kizaru provoque l’intervention de Sentomaru, le garde du corps de Végapunk, et le contraint à l’affronter dans un combat d’une violence inouïe. Pendant ce temps, Luffy et son équipage tentent de déplacer le Sunny à l’arrière de l’île pour préparer leur évasion.

Bien qu'il n'ait plus ni conscience ni libre arbitre, Kuma arrive à Marie Joie et continue d'avancer, mais l'amiral en chef Akainu est là pour l'arrêter. De son côté, Kizaru pénètre dans le laboratoire et envoie voler Luffy d'un coup de pied quand ce dernier tente de l’arrêter.

Alors que le combat singulier entre Luffy et Kizaru ne cesse de gagner en intensité, Bonney, quant à elle, devient la cible des forces de la Marine. Témoin de la situation, le docteur Végapunk, incapable de rester inactif, décide de quitter son laboratoire pour lui venir en aide, au péril de sa vie.

Végapunk et Atlas étant parvenus à atteindre les Pacifistas à temps, ils leur somment d’attaquer les soldats de la Marine afin de secourir au Bonney. En parallèle, tous les utilisateurs du fluide perceptif ressentent une présence hors du commun au moment où un pentagramme apparaît sur Egghead.

Saint Saturn capture Bonney et empêche Franky et Sanji d’intervenir à l’aide de pouvoirs énigmatiques. Prisonnière de sa poigne implacable, la jeune femme se remémore le passé de son père, il y a de cela quarante-sept ans.

La traque impitoyable des autochtones de God Valley et des esclaves par les Dragons célestes commence. Ivankov et Ginney révèlent alors à Kuma et aux captifs un stratagème inattendu pour échapper à cette partie meurtrière. Parallèlement, les équipages de pirates affluent progressivement sur l’île.

Kuma et Ginny vivent paisiblement dans le royaume de Sorbet huit ans après l’incident de God Valley. Cependant, leur nouveau roi instaure une politique réduisant les pauvres en esclavage. Kuma tente de libérer les captifs, mais finit par être emprisonné lui-même. C’est alors qu’un visage familier vient à son secours.

Deux ans après l'enlèvement de Ginney, l'Armée révolutionnaire reçoit un appel de cette dernière. Kuma accourt pour la sauver, mais découvre qu'elle est atteinte d’une mystérieuse maladie. De plus, elle a une fille qu'elle a sauvée au péril de sa vie. Face à un choix décisif, le jeune homme décide d'accepter ce que la jeune femme lui demande…

En combattant le roi Bekori, soutenu par le Gouvernement Mondial, Kuma est recherché et décide de parcourir le monde à la recherche d'un remède contre la maladie de Bonney. Il retrouve Dragon et découvre l'existence du scientifique excentrique du Gouvernement, qui pourrait guérir Bonney.

Profitant de l'amour de Kuma pour sa fille Bonney, le Gouvernement Mondial lui impose trois conditions en échange du traitement de Bonney. Kuma les accepte et le traitement de Bonney débute au Laboratoire 8, parallèlement au développement du clone auquel Kuma accepte de coopérer.

Bonney attend une lettre de son père Kuma qui a promis de lui écrire. Mais sans lettre en vue, elle fête ses neuf ans et se rend compte un jour que sa maladie est guérie. Elle décide alors de partir en mer à la recherche de son père.

Bonney prend la mer pour retrouver son père et gagne en notoriété. Au même moment, Luffy se fait également un nom en battant Arlong et son équipage, et en déclarant la guerre au Gouvernement mondial. En voyant cela, Kuma commence à croire qu'il est plus qu'un simple jeune pirate.

Retour à ce qui se passe actuellement sur Egghead. Saint Saturn tient Bonney d'une poigne de fer, alors que cette dernière sait désormais que c'est lui qui a poussé son père à devenir un cyborg. Cependant, Saint Saturn va révéler quelque chose de choquant, plongeant Bonney dans le désespoir.

Kuma s'approche de Bonney, le corps en lambeaux et dénué de conscience. Ne pouvant contrôler ses émotions, Bonney lui dit qu'elle a vu tous ses souvenirs et qu'elle sait tout ce qu'il a fait pour elle. Témoin de cette scène, Végapunk ne peut s'empêcher de se demander ce qui a poussé Kuma à venir sur Egghead.

Les soldats de la Marine évacuent l'île et retournent à leurs navires afin de se préparer à bombarder Egghead. Au même moment, Végapunk implore Saint Saturn de ne pas attaquer car Egghead est l'avenir de l'humanité, mais celui-ci n'est pas enclin à l'écouter.

Végapunk révèle un secret dont il est le seul à connaître l’existence concernant les Pacifistas. Au même moment, alors qu'elle est dos au mur, Bonney entend un rythme familier. C’est celui que son père lui a enseigné lorsqu’il lui parlait de la légende d'un héros qu'il admirait.

L'équipage des géants arrive à Egghead avec à leur tête Dorry et Broggy, ce qui ne manque pas de réjouir Usopp et le reste de l'équipage. Zoro combat toujours Rob Lucci, les Pacifistas continuent d'attaquer la Marine et Luffy montre à Bonney comment mettre un vrai coup de poing.

Caribou supplie Augur et Devon de le laisser rencontrer Barbe Noire. Un ordre est donné aux vice-amiraux de la Marine : Tuer à tout prix Jewelry Bonney afin de reprendre le contrôle des Pacifista.

La diffusion du message de Végapunk surprend le monde entier. Alors que tous s'affairent pour installer des visioescargophones et des écrans pour l'écouter; les Cinq Doyens réfléchissent à un moyen d’empêcher sa transmission.

Des éclairs noirs et des pentagrammes apparaissent à nouveau sur Egghead. Alors que l’évacuation approche, le combat entre Zoro et Lucci s’intensifie.

Dorry et Brogy retrouvent enfin Luffy. Cependant, ils doivent toujours affronter Saint Saturn et Saint Warcury sous leur forme alternative. Dorry souffle dans un cor pour avertir son peuple de se préparer à fuir, mais Saint Warcury pousse un rugissement assourdissant.

Franky et Bonney sont aux prises avec les vice-amiraux de la Marine au pied du navire d’Erbaf. Saint Mars tente de trouver la pièce visible dans la vidéo diffusée par Végapunk. Stussy, qui est gravement blessée, explique à Kaku la raison pour laquelle elle a choisi de rester, tandis qu’Edison agit de manière désespérée afin d’aider l’équipage de Chapeau de paille à s’enfuir.

La diffusion de Végapunk reprend, tandis que le monde entier s'apprête à l'écouter. Saint Mars redouble d'efforts pour trouver l'escargophone émetteur de cette transmission, pendant que l'équipage de Chapeau de paille et ses alliés affrontent les autres membres des Cinq Doyens.

La révélation de Végapunk fait trembler le monde. Saint Saturn abandonne le combat contre Nami et les autres et s'empresse d'aller arrêter la diffusion. Végapunk dévoile une autre vérité choquante concernant le premier pirate, Joy Boy.

Edison, lourdement blessé, implore Stussy de quitter l'île, mais elle lui demande quelque chose de surprenant en échange. Au même moment, Végapunk lève le voile sur un cataclysme s'étant produit dans le passé et parle des armes antiques, une histoire qui risque de heurter les croyances de beaucoup de personnes à travers le monde.

Les révélations de Végapunk choquent Kobby et les autres membres du Sword, les menant à discuter de la marche à suivre. Pendant ce temps, alors que le Sunny et le Great Erik d'Erbaf sont sur le point de partir, le géant de fer se meut dans un bruit assourdissant.

Luffy arrive enfin sur le navire d'Erbaf en compagnie de Dorry et Broggy, mais les Cinq Doyens les rattrapent et les attaquent. À bord du navire en flammes, Bonney entend un son qui lui est familier et trouve une force nouvelle dans les souvenirs vécus avec son père.

Les membres de l'équipage se trouvant à bord du Sunny, à l’étage du laboratoire, prennent la fuite, mais au prix d'un sacrifice inattendu. Alors que Végapunk termine sa diffusion, Bonney se retrouve de nouveau face à Saint Saturn, pour qui elle éprouve une aversion profonde.

Tandis que le discours de Végapunk motive les pirates du monde entier, il rend la Marine et les simples civils furieux. Cependant, la diffusion s'arrête brusquement alors que Végapunk est toujours en train de parler. Pendant ce temps, sur les côtes d'Egghead, les Cinq Doyens s'apprêtent à porter un coup décisif aux équipages de Luffy et des géants.

Deux semaines avant le début des combats sur Egghead, Végapunk comprend que quelqu'un a volé une partie du Mother Flame. Aux côtés de Pythagore et Shaka, il mène l'enquête et identifie la coupable ainsi que ses stupéfiantes motivations. Et c'est ainsi que, pour le futur de l'humanité, il prend une décision pour le moins hardie.

À son réveil, York aperçoit les îlo-nimbus qui s’élèvent vers la voûte céleste et, stupéfaite, comprend qu’ils servent à dérober quelque chose d’essentiel. Pendant ce temps, à Marie Joie, les Dragons Célestes s’alarment de la raréfaction des vivres et laissent éclater leur mécontentement.