Détrôner l'Empereur. Une opération secrète est lancée !

Après avoir quitté Water 7, les Chapeaux de Paille trouvent un navire à la dérive avec des pêcheurs affamés et malades. Tout semble bien jusqu'à ce que les pêcheurs à la dérive aient autre chose en tête et tendent un piège aux Chapeaux de Paille.

Les Chapeaux de Paille se retrouvent entourés d'une flotte de navires Marine, en réalité des illusions.

Piégés par des icebergs en mouvement, les Chapeaux de Paille tentent de trouver un moyen de s'en sortir en évitant de nombreux dangers alors que les assassins se rapprochent.

En utilisant le sous-marin Shark, Nami et Franky découvrent que des pingouins déplacent les icebergs.

Les combats continuent. Luffy, distrait à cause du drapeau perdu, a des problèmes initiaux avec Blindo, mais les Pirates de Phoenix l'aident à le capturer. Usopp a un succès marginal contre Albelle, mais est gêné par Sarco en colère.

En raison de nouvelles erreurs de Sanji, lui et Usopp se retrouvent capturés par Sarco et Albelle. Pendant ce temps, Canpacino arrive sur le navire des Phoenix Pirates pour sauver son frère.

Le Don révèle le pouvoir du Heat Heat Fruit : le pouvoir de faire fondre n'importe quelle substance. Zoro n'est pas à la hauteur de sa colère et finit emprisonné dans une caverne de glace avec les autres Chapeaux de Paille capturés.

L'Équipage du Chapeau de Paille, venant juste de se sortir de la prison où ils étaient enfermés, arrive finalement à s'échapper grâce à Zoro. Cependant, ils tombent à nouveau sur les membres de la Famille Accino.

L'Équipage du Chapeau de Paille rend furieux le patriarche Don Accino en vainquant les membres de sa famille. Un intense combat entre Luffy et ce dernier débute.

Après une lutte épuisante, Luffy bat enfin Don Accino.

Chopperman et Namifia sont à court d'argent ! Le Dr Usodabada élabore un plan pour faire tomber Chopperman tout en acquérant une renommée pour lui-même et un nouvel équipage pour remplacer son duo inutile : Sanjilops et Zorogilla.

L'Équipage du Chapeau de Paille découvre un baril au milieu de l'océan.

À bord du Thousand Sunny, Brook raconte son histoire de musicien avant d'être tué. Cependant, son esprit a pu réanimer son squelette grâce au pouvoir du Revive Revive Fruit.

Brook fait ses adieux aux Chapeaux de Paille et saute par-dessus bord, révélant qu'il peut traverser la surface de l'océan. Nami, Usopp et Chopper partent explorer l'île à l'aide du Mini-Merry II et rencontrent un cerbère.

Usopp, Nami et Chopper traversent la forêt de Thriller Bark, où ils sont attaqués par un peloton de zombies avant d'atteindre finalement le manoir de l'étrange chirurgien Docteur Hogback et de son assistante Victoria Cindry.

Après la rencontre avec Hogback, Nami est agressée par une créature invisible sous la douche, mais Usopp et Chopper parviennent à la chasser. Le reste des Chapeaux de Paille mettent le pied sur l'île et rencontrent d'autres zombies.

Échappant aux zombies surprise du manoir, Nami, Chopper et Usopp découvrent la vérité sur la véritable identité de Victoria Cindry et les expériences du docteur Hogback avant d'être approchés par un mystérieux zombie samouraï avec la voix de Brook.

Après avoir vaincu les zombies, les Chapeaux de Paille apprennent que l'un des Shichibukai, Gecko Moria, vole les ombres des gens et les utilise pour faire revivre les zombies.

Usopp, Nami et Chopper sont neutralisés sans effort par le général Zombie Ryuuma, un samouraï ressemblant étrangement à Brook, et sont enfermés dans un cercueil. Luffy et les autres entrent dans le manoir et battent facilement les zombies surprises.

Luffy, Zoro, Robin et Franky s'avancent pour tenter de retrouver et de sauver leur nakama disparu. Pendant ce temps, Nami, Chopper et Usopp sont transportés vers la partie principale du manoir, mais sont accidentellement détournés et se retrouvent dans le jardin des merveilles de Perona !

Alors que Luffy, Franky et Robin font face à une pièce fermée remplie de puissants zombies blindés, Nami, Chopper et Usopp sont protégés par le chien-zombie Inuppe, dont le comportement ressemble à celui de Sanji !

Une fois Luffy capturé, Franky et Robin affrontent les zombies en armure et le général zombie Talaran ! Ailleurs, Lola attaque Nami par jalousie.

Robin, Franky et Brook affrontent le général zombie Talaran, tandis que Nami, Usopp et Chopper se défendent contre Lola. Ailleurs, Luffy rencontre Moria !

Après avoir achevé le général Talaran, Brook révèle les mystères derrière Thriller Bark. Ailleurs, Moria rassemble les Trois Mystérieux et tente de capturer l'ombre de Luffy.

Moria et les autres commencent la réanimation du numéro 900 Oz. Pendant ce temps, Franky et Robin en apprennent davantage sur le passé de Brook et sur leur future mission.

Alors qu'Oz se réveille, Nami, Usopp et Chopper sont découverts ! Pourront-ils fuir à temps, ou Absalom les capturera-t-il en premier ?

Après qu'Oz ait mangé à sa faim, obéira-t-il à Moria ? Ailleurs, alors que Brook se prépare à combattre Ryuuma une seconde fois, il se souvient de sa première rencontre avec lui cinq ans plus tôt.

Usopp et les autres retournent au Sunny à la recherche de Luffy, Zoro et Sanji. A leur arrivée, ils découvrent le trio inconscient. Après les avoir réveillés, Usopp et Franky partagent chacun ce qu'ils ont découvert. Mais Franky a une histoire choquante sur la promesse de Brook à son nakama. Pendant ce temps, le mariage de Nami avec Absalom approche.

Après avoir appris que le nakama de Brook est Laboon la baleine, Luffy est déterminé à le recruter. Avant de se préparer à éliminer Thriller Bark et à retrouver leurs ombres, Sanji raconte à Chopper, Robin et Franky l'histoire de Laboon et des Twin Capes.

Avec leurs objectifs en tête, Luffy, Sanji, Robin, Usopp et Chopper s'en prennent à Nami et Moria ! Pendant ce temps, Franky et Zoro se dirigent vers Brook. Cependant, Hildon parle aux autres du plan du Chapeau de Paille.

Luffy continue d'affronter Moria tandis que Chopper et Robin restent sur place pour affronter Hogback et ses fidèles serviteurs zombies.

Usopp continue de tenir tête aux Negative Hollows de Perona tout en éliminant les zombies sauvages, tandis que Brook est tenu à la merci de Ryuma, qui prouve enfin sa supériorité sur l'original en battant le squelette au combat avant l'arrivée de Zoro.

Luffy tente d'attaquer Gecko Moria, mais est obligé d'affronter son Ombre le Doppelman.

Sanji semble vaincu alors qu'Absalom utilise sa capacité de fruit du démon, mais Sanji revient avec sa colère et commence à battre Absalom à mort, après lui avoir révélé qu'il avait toujours désiré le fruit transparent, le fruit du démon qui a permis à Absalom de se rendre invisible.

Usopp est obligé de combattre le pouvoir Horo-Horo de Perona.

La bataille entre Usopp et Perona continue ; Usopp tire quelque chose sur le vrai corps de Perona qui semble le manquer, donnant à Perona la confiance nécessaire pour riposter à nouveau.

Zoro affronte Ryuma dans le laboratoire de Hogback, tandis que Franky garde Brook blessé. Ni Zoro, ni Ryuma, ne peuvent obtenir l'avantage sur l'autre.

Chopper et Robin sont surpassés par les zombies de Zoro et Sanji, qui ont tous deux presque complètement perdu la personnalité qu'ils ont acquise dans leur ombre. Chopper dit à Hogback qu'il l'avait respecté autrefois, mais ne le respecte plus après avoir réalisé la vraie nature des expériences de Hogback.

Oz apparaît déclarant sa soumission à Moria. Moria lui demande de traquer les pirates au chapeau de paille.

Oz commence à combattre Sanji, Zoro, Franky, Brook, Robin, Usopp et Chopper, ayant hérité du style de combat de Luffy mais ayant perdu la mémoire. L'équipage essaie de se battre contre lui, mais apprend qu'il est incroyablement fort et rapide, même s'il est incapable de s'étirer comme le peut Luffy.

Perona se réveille enfin et est mise au courant de l'actualité de Thriller Bark. Elle décide de s'enfuir. Nami se réveille également pour voir qu'elle participe à une cérémonie de mariage avec Absalom. Lola interrompt le mariage, donnant à Nami une chance de s'échapper.

Les Chapeaux de Paille tentent une manœuvre « d'amarrage » en s'accrochant à Franky afin de former un « Robot Guerrier Géant », mais celle-ci échoue lorsque Robin refuse de participer, car elle juge cela trop embarrassant.

Profitant de plusieurs faiblesses, dont sa stupidité et ses similitudes avec Luffy, les Chapeaux de Paille continuent de combattre Oz.

L'ombre de Moria s'échappe, laissant Luffy bloqué dans la forêt, alors que d'étranges personnes révèlent qu'elles le recherchent. Zoro continue le combat contre Oz.

Avec les conseils de Moria, Oz est mieux à même de contrer les stratégies des Chapeaux de Paille et de retourner leurs attaques contre eux.

Moria explique qu'il a permis à Oz de s'étirer en étirant son ombre, forçant ainsi son corps à s'étirer avec elle afin de s'assurer que le corps et l'ombre ait la même forme.

Zoro essaie à nouveau d'attaquer le bras d'Oz, mais celui-ci l'assomme en le mettant à genoux contre un mur. Usopp tire du sel dans la bouche d'Oz.

Oz se remet de l'attaque de Nightmare Luffy. Cependant, les Mugiwara se remettent tous sur pied, de Luffy à Brook, et lancent une dernière attaque dévastatrice sur Oz.

Luffy commence à combattre Moria, malgré le Gear Second les coups qu'il inflige à Moria ne suffisent pas à le forcer à libérer les ombres. Moria attaque Luffy avec un coup dévastateur.

Toutes les victimes de la Moria récupèrent leur ombre et célèbrent avec joie leur capacité à entrer dans la lumière du jour. Luffy, Zoro, Sanji et Robin récupèrent leurs ombres à temps pour éviter d'être désintégrés.

Zoro attaque Kuma, qui révèle qu'il a mangé le fruit Paw-pad Paw-pad, et montre sa capacité à repousser les attaques, à parcourir des distances considérables presque instantanément et à repousser l'air pour attaquer ses adversaires.

Alors que presque tout le monde sur l'île est assommé par l'explosion, Zoro frappe Kuma avec Shishi Sonson, mais voit que c'est inefficace, car Kuma est un Pacifista, un cyborg dont le corps est plus dur que l'acier. Voyant qu'il ne peut plus se battre, Zoro offre sa vie pour sauver Luffy, affirmant qu'il ne peut espérer devenir le meilleur épéiste du monde s'il ne peut pas protéger son capitaine.

Hogback et Absalom échappent de Thriller Bark avec Moria inconscient et révèlent que Barbe Noire a acquis son statut de Shichibukai en battant Ace. Le lendemain, les Chapeaux de Paille célèbrent leur victoire sur la Moria, mais ne savent pas pourquoi Zoro est si grièvement blessé.

Brook se souvient de son passé, lorsque la baleine Laboon a commencé à suivre son bateau pirate et s'est liée d'amitié avec l'équipage. Lorsque l'équipage s'est dirigé vers Grand Line, ils n'ont eu d'autre choix que de laisser Laboon derrière eux en raison du danger que la mer présenterait pour un jeune baleine comme lui, mais Laboon les a quand même suivis au-dessus de Reverse Mountain. Brook et son capitaine convainquent Laboon de rester derrière, promettant qu'après avoir parcouru toute la Grand Line et qu'il soit devenu assez fort pour les suivre, ils reviendraient et l'emmèneraient dans leurs aventures. Mais ils n’ont pas pu tenir leur promesse.

Brook se souvient du voyage des Pirates Rumbar à travers Grand Line, où ils ont fait face à de nombreux dangers mais ont quand même réussi à s'amuser. Le capitaine a contracté une maladie et a tenté de quitter Grand Line par la Calm Belt avec l'autre équipage infecté, laissant Brook responsable des pirates restants.

Brook dit à Luffy qu'il est heureux d'être en vie et lui demande s'il peut rejoindre l'équipage, ce que Luffy approuve. Tous les Chapeaux de Paille en sont choqués, à l'exception de Zoro, qui dort, et de Robin, qui savait que Luffy l'accepterait quoi qu'il arrive, mais ils l'accueillent néanmoins dans l'équipage.