Newport-City, 2029. Le Major Kusanagi, entourée de sa talentueuse mais petite équipe, est au service de la paix et de la sécurité publique, tandis que le lieutenant-colonel Kurutsu, qui est à la tête d'une influente organisation, aspire au profit et au libre-arbitre. Les deux femmes semblent amenées à s'affronter, mais un terroriste vient semer le désordre et la mort dans le paysage cybernétique et politique. L'équipe du Major et la Section 9 arriveront-elles à le mettre hors d'état de nuire ?