Luffy et son équipe arrivent dans une ville portuaire sur l'île d'Asuka, célèbre pour abriter un trésor légendaire : le Shichi Seiken (l'épée aux sept étoiles). A peine arrivés que Zoro disparaît après avoir reçu une mystérieuse dague avec son nom gravé dessus. L'équipage n'a pas le temps de s'occuper de sa disparition car ils sont pourchassés par des Marines qu'ils réussissent à semer après une belle voltige. Ils arrivent alors dans un petit village attaqué par les marines dont Zoro fait désormais parti. Surpris par l'attitude de leur compagnons, Luffy et son équipage cherchent à en savoir plus sur ce qui se trame et découvrent que Saga, un ancien ami de Zoro, se cache derrière tout ça, il tenterait de réveiller le Shichi Seiken. Luffy décide alors de venir en aide à Maya, la prêtresse du village et ancienne petite amie de Saga.
Non les saints ne sont pas morts après leur affrontement avec Hadès!! Cependant, la chevalerie d'Athéna est mal en point après ses multiples batailles tandis qu'un nouveau danger s'annonce pour l'Humanité: Les Dieux de l'Olympe veulent punir ces humains qui ont eu l'impudence de s'opposer à eux. Lorsque Artémis vient faire part à sa soeur de la décision divine, Athéna s'oppose bien évidemment à la sanction et se retrouve une nouvelle fois prête à se sacrifier. De nouveau les bronze saints volent à son secours mais cette fois-ci rien n'est gagné: Seiya est dans un état végétatif et le reste des guardiens d'Athéna n'arrivent plus à enflammer leurs cosmos... Une nouvelle épreuve attend nos héros ainsi que des ennemis plus terribles que jamais!
En 2032, cyborgs et androïdes ont pris le pas sur l'humanité, reléguant cette dernière au rang d'exceptions, tant les hommes ne se passent plus de modifications cybernétiques. Le major Kusanagi a disparu, probablement quelque part dans les méandres de l'internet, et c'est donc accompagné d'un autre équipier, Togusa, que Batou va se lancer dans une enquête inhabituelle. Ainsi, plusieurs (sex)androïdes ont massacré leurs propriétaires, pour ensuite se suicider. Batou et Togusa seront lancés sur la piste d'un clan de yakusas, puis d'une mystérieuse entreprise nommée Locus Solus.
Pandy et Retro se retrouvent perdus dans un lieu de désolation. Ils sont nus et ont perdu la mémoire. Ils se rendent dans une ville où ils se laissent aller à tous leur désirs en volant citoyens et magasins. Après une course poursuite extrêmement violente avec la police locale, ils sont incarcérés dans la prison "Dead Leaves"...
Nitaroh, ayant perdu successivement sa mère, la vue et son père, devient joueur de shamisen ambulant alors qu'il n'est qu'un enfant. Avec l'âge adulte, sa réputation grandit mais, sans le vouloir, il va à l'encontre de certaines traditions et s'attire des ennemis.
Un chien âgé se dirige vers une machine à voyager dans le temps, qu'il compte utiliser pour aller dans le futur afin de rencontrer quelqu'un qui lui donnera un kendama. Cependant, la machine rencontre un problème de turbulence temporelle et se détraque, régressant le chien à son état infantile, finalement trouvé par un chat chercheur. Ce chat, c'est Doraemon.