Nous retrouvons Hikaru qui a grandi après sa défaite contre Touya. Sai, un maître du jeu de go redoutable et initiateur pour Hikaru, a disparu. Notre héros souhaite plus que jamais atteindre le niveau de son précepteur et battre Touya, son plus grand rival. Le tournoi asiatique Junior Nort, cette compétition entre la Chine, la Corée et le Japon, va bientôt avoir lieu mais il n'y a que trois places dans l'équipe japonaise des moins de 18 ans et beaucoup de compétiteurs. Ainsi, Hikaru s'entraîne sans relâche et persévère en espérant obtenir un jour la main de dieu, le coup ultime.

L'action de ce special se situe à Orb, après la fin de la série Gundam Seed. Il s'agit de l'épilogue au cours duquel on voit Athrun et Kira discuter de leurs impressions vis-à-vis de la paix retrouvée.