Ce film est basé sur la seconde partie de l'anime qui se déroule sept ans après la défaite du Roi Spiral. Certains points du scénario ont été modifiés.

Kogoro est invité à participer à une enquête sur un tueur en série qui soigne ses méfaits en laissant une tuile de mahjong sur les lieux. Très vite Conan s'en mêle en découvrant que l'Organisation est aussi intéressée par cette affaire. Avec l'aide de son ami Heiji Hattori d'Osaka, Conan tentera de résoudre l'énigme tout en prenant garde au membre de l'Organisation infiltré dans la police...

En 2054, les humains sont oppossé à ce qu'ils ont nommé L'Image. Cette créature, découverte 45 ans plus tôt dans le Pacifique s'est décidée de rayer l'humanité de la surface de la planète. Renton Thurston s'est engagé dans l'armée en tant que pilote du Nirvash dans l'équipage du Gekko-Go, dirigé par Holland Novak, afin de retrouver son amie Eurêka, enlevée 8 ans plus tôt par les forces terriennes. Seulement, les intérêts de Renton ne sont pas les seuls en jeu lorsque la survie de toute une planète et de ses habitants est engagée. De plus que cette motivation ne semble pas être celle de l'équipage du Gekko-Go...

Le peuple du Royaume Magique vit grâce à l'Akuto, énergie produite par les êtres vivants. Ce peuple vit dans un espace-temps situé juste au-dessus de la planète qu'il pille. Lorsque l'Akuto se tarie sur Terre, ils déplacent leur royaume vers une Terre situé dans un autre espace-temps. Ce déplacement entraîne la destruction de la planète pillée. Le jeune Munto, en voyant se tarir à nouveau l'Akuto, tente de trouver un équilibre entre le Royaume Magique et la Terre, productrice d'Akuto. Il pense avoir trouvé la solution en la personne de Yumemi qui a le don de voir le royaume des cieux depuis sa planète. Des habitants des cieux ont d'autres théories pour sauver leur royaume et s'opposeront à Munto et Yumemi.

En 1942, pendant la seconde guerre mondiale, une troupe d'élite russe, composée de cinq adolescents aux compétences extraordinaires, lutte contre l'ennemi. Parmi eux, il y a Nadya, une moscovite de 14 ans dont les parents travaillaient au cirque de Moscou. Elle témoigne depuis sa plus tendre enfance d'une habileté remarquable ainsi que d'une clairvoyance surprenante. First Squad était à la base un clip réalisé par Studio 4°C pour le rapeur russe Ligalize.