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À l'origine, tous les êtres humains vivaient sous l'eau mais certains décidèrent de quitter l'océan et perdirent leur capacité amphibies. Alors que les deux populations essaient aujourd'hui d'éviter au maximum de se mélanger, Chisaki, Kaname, Hikari et Manaka se retrouvent obligés de rejoindre un collège sur la terre ferme. Brimés par certains de leurs camarades, ils vont toutefois sympathiser avec Tsumugu, un enfant de pêcheur. Ensemble, ils essaieront d'oublier les préjugés de chacun et de montrer aux plus anciens que ces derniers sont dépassés.

Shinichiro est un étudiant qui tente d’écrire une pièce en s’inspirant de son entourage. Un ami de son père étant mort l’année dernière, sa famille a pris sous tutelle sa jeune fille Hiromi qui se trouve être dans la même classe que Shinichiro. Ce dernier est attiré par elle et tente de comprendre pourquoi en sa présence, celle-ci reste renfermée sur elle-même. Cette attention particulière qu’il lui porte entraîne une certaine jalousie de la part de sa mère qu’il ignore complètement. Alors qu’il se ballade autour de son lycée, il fait la connaissance de Noe une jeune fille spéciale qui sépare les gens en deux catégories : ceux qui peuvent voler et ceux qui ne le peuvent pas. Au fil du temps, Shinichiro se rapproche d’elle et devient en quelque sorte son animal de compagnie, apprenant par la suite que Noe tente de « retrouver ses larmes ». Cette nouvelle fréquentation semble cependant déranger les sentiments de Hiromi.

Dans un monde futur où la magie fait partie de la vie quotidienne, Hitomi Tsukishiro, 17 ans, descendante d'une famille de mages, perd sa capacité de voir les couleurs quand elle est petite et grandit sans émotion. Préoccupée par son futur, la grand-mère d'Hitomi, Kohaku, décide de la renvoyer dans le passé en 2018, où elle va découvrir un monde de couleurs éblouissantes.

Natsumi, Rinko, Saki et Yuka sont quatre amies d’enfance. Elles sont dans la même classe et partagent leur temps libre ensemble. Elles sont inséparables. Alors que l’été approche, Saki prend ses distances avec le groupe et laisse ses amies entre ignorance et incompréhension, ce qui crée des tensions. Les trois jeunes filles délaissées sont inquiètes et tentent sans succès de rétablir le contact, quand elles apprennent que leur camarade va partir vivre à Tôkyô. Elles vont donc essayer de restaurer leur amitié, parviennent à faire venir Saki près du gros rocher où elles s’étaient réunies quatre ans auparavant, et vont vérifier si la rumeur dit vrai : ce rocher exaucerait les vœux…

À la fin de ses études universitaires, Rikuo Uozumi, un garçon sans réelle ambition dans la vie, a trouvé un petit job dans un konbini, une petite supérette ouverte 24h/24, très populaire au Japon. Les jours se suivent et se ressemblent pour Rikuo jusqu'à sa rencontre avec son ancienne petite amie et camarade de classe mais surtout avec la troublante Haru Nonaka, toujours accompagnée de son fidèle corbeau…

Alors que les lycéens s’inscrivent avec enthousiasme au club dans lequel ils vont pouvoir s’investir tout au long de l’année scolaire, Hôtarô, lui, est loin d’être motivé. Ce qu’il apprécie, c’est de faire un minimum d’efforts. Seulement, sur la demande de sa grande sœur qui a peur que le club de littérature dans lequel elle était inscrite quelques années auparavant ne soit dissout par manque de membres, Hôtarô accepte d’en faire partie, dans l’espoir d’en être l’unique participant. Quel n’est pas son désarroi lorsqu’il s’aperçoit qu’Eru Chitanda s’est également inscrite, d’autant plus que la lycéenne est de nature curieuse, et qu’elle n’a pas l’intention de laisser les mystères qui l’entourent sans réponse.

Après avoir déménagé en raison du travail de ses parents, Sana revient étudier plusieurs années plus tard dans sa ville natale, retrouvant ainsi ses amis d'enfance. Le temps ayant suivit son cours, le physique de chacun a évolué ce qui nécessite à Sana un moment d'adaptation pour reconnaître ses camarades. Fort heureusement, malgré la longue durée de séparation, certains souvenirs sont restés intacts dans la mémoire et certains sentiments n'ont pas changé. A nouveau réunis, ils tenteront de recréer ensemble d'aussi bon moment que par le passé. Cependant, derrière leur sourire et leur joie de vivre, la plupart d'entre eux tentent de dissimuler aux autres certains évènements sombres qui ont entaché leur vie et les ont plongé dans le désespoir durant les dernières années...

L'histoire se déroule dans l'Académie Shiomi, célèbre pour sa bibliothèque (Daitoshokan). Kyôtaro Kakei, membre du club de littérature, aime se rendre dans cette bibliothèque pour lire au calme. Mais un jour, il va faire la connaissance de Tsugumi Shirasaki, une deuxième année qui prétend pouvoir exaucer les souhaits des gens.

Plusieurs années ont passé depuis le temps où Jin-tan, Menma, Poppo , Anaru, Yukiatsu et Tsuruko s'amusaient ensemble en formant les « Super défenseurs de la paix ». Aujourd'hui adolescents, chacun est parti de son côté pour suivre la voie dans laquelle ils souhaitaient s'engager et, ceux qui étaient amis d'enfance se retrouvent désormais séparés par des envies et des buts différents. Cependant, ces derniers partagent tous la même douleur liée à la disparition de Menma. Incapable de surmonter son traumatisme, Jin-tan s'est exclu de la société et voit par moment le fantôme de cette dernière. Incompris par ses connaissances, celui-ci, persuadé qu'il est victime d'hallucinations, souhaite malgré tout réaliser le vœu de son amie défunte afin qu'elle puisse reposer en paix. Dans ce but, il va chercher à reformer cet ancien groupe d'amis dont il était le leader et ré-ouvrir une blessure profondément enfouie dans leur cœur. Alors que les images perçues par Jin-tan ne sont peut être que des illusions, tous se rendront compte que leur désir d'honorer la mémoire de Menma est quant à lui bien réel... Le titre littéralement signifie « Nous ne connaissons toujours pas le nom de la fleur que nous avons vue ce jour-là. »

Nao est une jeune collégienne quelque peu excentrique. Attirée par la beauté et le caractère versatile des nuages, elle passe ses journées sur le toit de l'école à les prendre en photo. Mais un jour, elle aperçoit un drôle de chat qui semble voler dans les airs. Voilà qu'elle s'approche trop près du bord et tombe dans un fourré quelques étages plus bas. Décontenancé par cette aventure, elle essaie de retrouver les sensations qu'elle a éprouvée durant sa chute. Trainant son ami, plus délurée et pleine de gaieté, Kimi, elle découvre un mystérieux pouvoir permettant de maîtriser les vents, comme le font son professeur Taiki et sa camarade Jun.