D’apparence normale, Saya Kisaragi est une jeune lycéenne tête en l’air et qui fait tout pour aider son prochain. Son père, Tadayoshi, est un prêtre shintoïste avec qui elle vit. Ce dernier lui a confié la mission de détruire les « Anciens ». Saya, armée de son épée sacrée, traque ces monstres dont les apparitions sont de plus en plus fréquentes et représentant un danger pour les humains. Par ailleurs, la lycéenne à de violents maux de tête qui lui lasse voir plusieurs visions qu’elle n’arrive pas à comprendre. Que représentent ces visions ?