Dans un Japon post-Seconde Guerre mondiale, Saya, une vampire, lutte contre des démons vampiriques. L’histoire se déroule dans la base américaine de Yokota, située dans un Japon post-Seconde Guerre mondiale, quelques mois avant le début de la guerre du Viêt Nam. Son principal protagoniste est une fille nommée Saya, qui chasse des démons vampires (appelés Chiroptans) en utilisant un katana. Elle travaille pour le gouvernement américain.

Saya semble une lycéenne vivant une vie normale sur l'île japonaise d'Okinawa. Elle a été adoptée et n'a aucun souvenir datant de plus d'un an. Cependant, elle souffre de réminiscences troublantes. Il lui revient ainsi des souvenirs datant de son combat contre des démons pendant la seconde Guerre Mondiale mais aussi dans la Russie du début du XXe siècle. La plus oppressante de ses réminiscences concerne un manoir français du XIXe siècle qui révèle en fait le milieu où elle a été élevée. Saya est "néée" en 1833 dans un cocon provenant d'une momie de chiroptère aux côtés de sa soeur Diva. Saya et Diva sont en fait les derniers vampires connus, nés en ce monde pour abattre tous les démons.

Dans le monde des Hackers, Takagi Fujimaru, étudiant en 2nd année au lycée faisant parti du club de journalisme, est connu sous le nom de "Falcon". Fujimaru se retrouvera mêlé à une affaire qui s'est produite suite à un massacre la veille de Noël en Russie. Ce virus est appelé "Bloody Monday". Il aurait été récupéré par une jeune femme mystérieuse nommé Maya. Falcon se servira alors de ses compétences pour pouvoir déchiffrer tous ces crimes.