Saya, la chasseuse de Vampires, se retrouve face à sa soeur jumelle, Maya, reine des terribles Chiroptériens. Maya détient des secrets qui pourraient changer le cours de la guerre entre les Humains et les Vampires.

Pendant la guerre du Vietnam, une sanguinaire guerrière massacre tout sur son passage sans aucune pitié: monstres, soldats américains ou même innocents villageois y passent. De nos jours, Saya Otanashi jeune lycéenne sans histoire d'Okinawa s'entraîne pour une compétition de saut en hauteur malgré une "maladie" qui l'oblige à se faire transfuser régulièrement à l'hôpital. Bien qu'elle vive en famille, elle semble avoir perdu la mémoire car elle ne peut se souvenir des évènements de sa vie avant son adoption (soit presque un an). Mais un soir, l'attaque par une monstrueuse créature appelée "chiroptère" et l'intervention d'un mystérieux allié surgissant de son passé oublié vont faire ressortir la guerrière sommeillant en elle. -Samir-

Le sanctuaire Ukishima est situé dans une vieille ville pittoresque au bord d'un lac. Kisaragi Saya, une jeune prêtresse du temple vit là avec son père, Tadayoshi. Le jour, elle vit la vie d'une lycéenne normale à l'académie Sanbara. Mais la nuit, elle chasse les "Anciens", des créatures possédant des aptitudes physiques surnaturelles qui prennent pour proies les humains et dont elle seule a la capacité de les vaincre.

L'histoire se déroule un an après les événements de la série animée. Kisaragi Saya est une jeune lycéenne, vivant avec son père adoptif dans un temple shintô. De nature maladroite, tête en l’air, naïve mais cependant très serviable, elle ne peut s’empêcher de faire le bien autour d’elle. Malgré les apparences, la nuit, Saya change de nature et prend part à des combats sanglants contre des monstres en tout genre. En effet, Saya est en réalité une des vampire les plus puissantes qui puissent exister, travaillant pour le gouvernant afin de protéger la ville.