Gon Freecs, 12 ans, vit sur une île reculée. Son père ayant disparu, il vit avec sa tante et sa grand-mère. Mais le jour où il apprend que son père, Jin Freecs, est un Hunter et qui plus est l'un des meilleurs de son temps, il décide de se rendre au très réputé examen de Hunter pour décrocher le certificat de Hunter et ainsi pouvoir se mettre à la recherche de son père. Cependant l'examen qui a lieu chaque année est très difficile et dangereux, les participants peuvent y mourir à tout moment. On raconte même que sur dix mille candidats, un seul arrive jusqu'à l'examen, mais cela ne décourage pas le jeune héros qui est plus déterminé que jamais. Durant l'examen il va rencontrer plusieurs personnes, amies comme ennemies dont : Kurapika dont le seul but est de devenir un Hunter pour venger son clan assassiné ; Leolio qui lui veut simplement de l'argent mais au plus profond c'e

La rumeur dit qu'un membre du clan Kurta, dont Kurapika est originaire, a survécu au massacre perpétré par la Brigade Fantôme. Malheureusement pour Kurapika, celui qu'il prend pour son vieil ami n'est qu'un imposteur qui s'empare de ses yeux. Alertés par Leorio, Gon et Killua partent à la recherche de l'usurpateur. Ils font également la connaissance de Retz, une jeune marionnettiste de rue, qui propose de les aider dans leur recherche.

Il y a fort longtemps, Netero tua Jed, un homme qui voulait renverser l'Association des Hunters. C'était un utilisateur du On, une force différente du Nen. A présent, quelqu'un semble poursuivre ce même idéal et libère les criminels de rang S afin d'en faire ses hommes de main. Pendant ce temps, Gon, Kirua et leurs vieux compagnons s'apprêtent à assister au Battle Olympia, ce fameux tournoi qui oppose les Floor Masters de la Tour Céleste. C'est là que l'héritier de la volonté de Jed décide de frapper. Les spectateurs et le président Netero lui-même sont pris en otages. Les revendications des terroristes sont liées à la face obscure de l'Association Hunter...

Gon est un jeune garçon intrépide et aventureux qui vit chez sa tante Mito. Son rêve : devenir un Hunter, comme son père. Les Hunters forment une caste à part. Ce sont des gens qui ont dédié toute leur existence à la recherche d'espèces rares, de mets inconnus, de territoires inexplorés ou encore de trésors enfouis. Mais pour en faire partie, Gon va devoir passer un examen particulièrement difficile truffé d'épreuves plus dangereuses les unes que les autres. Heureusement, il pourra compter sur son ingéniosité et sur son courage, ainsi que sur trois compagnons qu'il rencontre au cours de l'examen : Leolio, Kurapika et Kirua. Ensemble, ils comptent bien triompher de tous les obstacles et obtenir l'un des trésors les plus convoités de la planète: la carte de Hunter !