L'histoire se passe plusieurs années après les aventures de Yugi Mutô. Sur une petite île a été créer une école où la future élite des duellistes est formée : elle se nomme Duel Académie.

Les élèves sont divisés en trois rangs : les "Obelisk Bleus", qui sont les meilleurs élèves de l'école ; les "Râ Jaunes", qui ont réussi brillamment leur examen d'entrée ; les "Osiris Rouges", qui sont constamment menacés d'être expulsés de l'école. Judai Yuki est un élève "rouge". Cependant, il n'est pas comme les autres élèves de son rang : il est très doué en duel. Il possède toutefois une certaine habilité à dire tout haut ce que tout le monde pense tout bas, ce qui a régulièrement le don d'énerver ses professeurs. Mais cela lui est égal : son ambition, c'est de devenir le nouveau "King of Duel", et ainsi d'arriver à égaler son modèle Yugi Mutô.