Rien ne va plus au siège de la KaibaCorp. Tandis que Seto est aux États-Unis pour le lancement de son nouveau parc d'attraction géant, le machiavélique Yâko Tenma s'empare du bâtiment abritant le serveur central de Magic And Wizards. Yâko n'est autre que le nouveau dirigeant de la société créatrice du jeu, Illusions Industrielles, fondée par feu-Pegasus Jr. Crawford.

En tant qu'héritier de Pegasus, Yâko a échafaudé un plan extrêmement complexe afin de ramener l'âme de son mentor de l'au-delà et de venger sa mort. Le projet R. A (Rebirth Avatar) est en marche et déjà plus rien ni personne ne semble capable de l'arrêter. Cependant Yâko a besoin pour parfaire sa vengeance de la présence de Yûgi, vainqueur de Pegasus autrefois... le Roi du Jeu sera-t-il capable d'arrêter les forces mystiques une fois de plus ?