Yugi, un jeune garçon chétif et naïf réussit un jour à remonter le fameux Puzzle du Millénaire. À partir de ce moment-là, le destin de Yugi va devenir celui d'un être hors du commun. Le Puzzle lui a donné d'incroyables pouvoirs et l'a doté d'un double impitoyable : Yami Yugi, "Le Maître des Jeux!". Lorsque Maximillion Pegasus, l'inventeur du jeu Magic and Wizards apprend la défaite de Seto Kaiba face à Yugi, il décide de voler l'âme de Mûto Sugokoru, le grand-père de Yugi. Son but ? Contraindre Yugi à participer à un Tournoi de Duel de Monstres pour pouvoir s'emparer du Puzzle de Yugi !

Cette saison se base sur le début du manga Yu-Gi-Oh ! Le jeu principal ici, ce n'est pas le Duel de Monstre. En fait, il n'y en a pas, et c'est bien de là que Yûgi tient son surnom de maître du jeu. En effet, dans cette saison au design particulier, on retrouvera un grand nombre de jeu, réels ou non, auquel Yûgi, ou plutôt Yami, son double, vont participer pour des raisons aussi diverses que des défis, des prises d'otages...

Il s'agit d'un film peu connu et assez ancien sur la série Yu-gi-oh ! Sorti le 06 mars 1999 au Japon, soit près d'un an avant le lancement de Yu-gi-oh ! Duel Monster. Le design s'inspire de celui de la "saison 0". Le film raconte l'histoire de Shun, un jeune duelliste amateur qui, par hasard, va un jour se retrouver en possession du Dragon Noir aux Yeux Rouges. La carte étant très rare, Seto Kaiba cherche à s'en emparer, mais Yugi se trouve, une fois encore, sur son chemin.

L'histoire se passe plusieurs années après les aventures de Yugi Mutô. Sur une petite île a été créer une école où la future élite des duellistes est formée : elle se nomme Duel Académie. Les élèves sont divisés en trois rangs : les "Obelisk Bleus", qui sont les meilleurs élèves de l'école ; les "Râ Jaunes", qui ont réussi brillamment leur examen d'entrée ; les "Osiris Rouges", qui sont constamment menacés d'être expulsés de l'école. Judai Yuki est un élève "rouge". Cependant, il n'est pas comme les autres élèves de son rang : il est très doué en duel. Il possède toutefois une certaine habilité à dire tout haut ce que tout le monde pense tout bas, ce qui a régulièrement le don d'énerver ses professeurs. Mais cela lui est égal : son ambition, c'est de devenir le nouveau "King of Duel", et ainsi d'arriver à égaler son modèle Yugi Mutô.

Rien ne va plus au siège de la KaibaCorp. Tandis que Seto est aux États-Unis pour le lancement de son nouveau parc d'attraction géant, le machiavélique Yâko Tenma s'empare du bâtiment abritant le serveur central de Magic And Wizards. Yâko n'est autre que le nouveau dirigeant de la société créatrice du jeu, Illusions Industrielles, fondée par feu-Pegasus Jr. Crawford. En tant qu'héritier de Pegasus, Yâko a échafaudé un plan extrêmement complexe afin de ramener l'âme de son mentor de l'au-delà et de venger sa mort. Le projet R. A (Rebirth Avatar) est en marche et déjà plus rien ni personne ne semble capable de l'arrêter. Cependant Yâko a besoin pour parfaire sa vengeance de la présence de Yûgi, vainqueur de Pegasus autrefois... le Roi du Jeu sera-t-il capable d'arrêter les forces mystiques une fois de plus ?

Yûma Tsukumo est un jeune garçon curieux, plein d'entrain et prêt à relever tous les défis. Son rêve : devenir champion de duel et décrocher les étoiles ! Un jour, alors qu'il livre un duel acharné contre Shark, un voyou de son collège, une mystérieuse créature fait son apparition...!

Yûsei Fudô est un adolescent vivant dans un milieu sombre et miséreux dont les habitants sont méprisés par la ville la plus proche : Néo Domino-City. Comme beaucoup, Yûsei a une passion : le Riding Duel, une nouvelle manière d'utiliser le fameux jeu "Duel & monster". Mais en plus d'être passionné, Yûsei est doué. Certains pensent même qu'il est meilleur que celui qu'on surnomme le King, le meilleur joueur du moment : Jack Atlas. Mais après une course gagnée face à l'un de ses amis, Yûsei se retrouve confronté à d'étranges phénomènes, ainsi qu'à une "légende urbaine" qui vire au cauchemar.