Tomoki Sakurai est un simple lycéen qui cherche à vivre une vie calme et paisible. Cependant, il fait toujours ce même rêve étrange où une femme lui demande de l'aider. Un jour, il en parle avec Sugata, un de ses aînés, et celui-ci est convaincu que c'est un message provenant d'un nouveau monde à découvrir. Plus tard dans la soirée, quand Tomoki attend ses amis, un ange tombe du ciel... et toute sa vie se retrouve alors complètement bouleversée par cette rencontre. Mais il ne se doutait pas que ce n'était que le début.

Après une vie passée avec l'angeloïde Ikaros, les anges de la synapse commencent à détruire la Terre à l'aide d'un canon surpuissant. Une fois détruite, Tomoki décide d’arrêter les anges. Mais en se remémorant une journée avant cette catastrophe, il comprend que les ordres donnés aux angeloïdes sont absolus jusqu'à la fin et que la plupart d'entre eux ne peuvent vivre sans maître.