Début du 22e siècle... Dunan, une jeune femme sexy, et Briaeros, un cyborg, sont deux survivants de la troisième guerre mondiale qui s'engagent dans la police pour pouvoir faire régner l'ordre . L'action se situe au tout début du 22ème siècle à la suite d'un conflit armé ayant débouché sur une guerre mondiale. La paix vient tout juste d'être rétablie, et les nouveaux pouvoirs politiques se mettent en place. Cette répartition des responsabilités est contrôlée de main de maître par un organisme nommé Aegis, dont une partie du personnel est constitué de Bioroïds (des humains artificiels). C'est alors que toutes les nations terriennes commencent à relever la tête et à réparer les dégâts causés par la guerre que débute l'histoire qui nous intéresse...

Deunan, guerrière surentrainée, se bat dans une ville en ruine contre des armées de cyborgs surentrainés. En effet, depuis longtemps, un conflit mondial oppose l'humanité à une nouvelle espèce, à la fois humaine et mécanique : les Bioroïds. Très rapidement, Deunan découvrira, derrière le monde chaotique dans lequel elle survit, une gigantesque utopie, un monde idéal conçu de toute pièce pour mettre en œuvre la coexistence pacifique de l'Homme et des Bioroïds. Or, il s'avère délicat, au sein de ce monde parfait, de maintenir un juste équilibre entre l'Homme, émotif et coléreux, et la nouvelle espèce, ambitieuse et pratiquement parfaite.

Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d'une ville ravagée par les combats. Pendant l'opération, ils croisent le chemin d'Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d'Olympe qui ont peut-être un plan pour sauver le monde, mais l'impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C'est à Deunann et Briareos qu'il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l'humanité.

L'histoire se déroule au début du 22ème siècle, la Terre a été en partie ravagée par la troisième guerre mondiale mais aucune arme nucléaire n'a été utilisée. Même si la guerre est finie, des combats subsistent entre les derniers noyaux de nations restantes. Deunan Knut et Briareos Hecatonchires (devenu un cyborg) sont 2 ex-commandos recrutés sur le front d'Afrique du Nord par la cité Olympus. Cette cité a été créée par des scientifiques peu avant la guerre pour le projet Appleseed, un projet visant la paix dans le monde. Cette cité utopique est un des derniers endroit en paix et prospère, elle profite de son influence pour tenter de mettre fin aux conflits en cours. Le projet Appleseed est en fait la mise aux point d'humains artificiels, les bioroïdes, êtres dont toute pensée belliqueuse a été bannie grâce à la modification de leur ADN. La cohabitation entre humains et bioroïdes est source de tensions dans la cité. Nos deux héros sont membres de l'E.S.W.A.T, une branche spéciale du S.W.A.T équipé d'exosquelette de combat et placé directement sous le contrôle des dirigeants de la cité. Ils devront préserver la sécurité de la cité et déjouer les complots.