Le médium Yoh Asakura participe à un tournoi opposant tous les 500 ans les shamans qui aspirent à devenir le tout-puissant Shaman King.

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Alors que rien ne devait se passer durant les 500 ans suivants le dernier Shaman Fight, auquel Yoh et ses amis ont participé, un désaccord entre les dieux déclenche un nouvel affrontement entre les shamans à l’issue duquel la forme de ce monde risque de changer. Hana, le fils de Yoh et Anna, est choisi pour devenir le leader de la « Team Hao », l’équipe représentant le dieu Hao en ce bas-monde. Mais avant même d’entrer dans le tournoi, il devra surmonter une épreuve inattendue et beaucoup plus périlleuse qu’il n’y paraît…

Un nouvel élève qui vient de déménager d'Izumo est arrivé dans la classe d'Oyamada Manta un élève plutôt sympathique. En fait cet élève se prénomme Asakura Yoh, et c'est un Shaman! C'est une personne qui sait entrer en communication avec les dieux et les esprits, pour s'approprier momentanément leurs forces et leurs pouvoirs. Yoh est venu ici pour faire son apprentissage de Shaman et il s'est attiré les services d'un fantôme célèbre, le fameux Amidamaru qui n'est autre qu'un samouraï qui vivait il ya 600 ans! Ce Shaman aide aussi les esprits égarés à regagner les cieux.