Après avoir découvert que la nouvelle cible des terroristes qui prétendent servir le “Roi des Vampires” est une école, Yûki et Zero, aidés de miliciens volontaires, partent en chasse pour les capturer. Tandis qu’ils tentent de désamorcer une bombe, Zero est enlevé par un groupe inconnu. Yûki et Maria, parties à son secours, se retrouvent face à un ennemi inattendu... De son côté, le directeur de l’Académie Cross, Kaien Kurosu est pris dans une émeute entre vampires et humains terrorisés. La tension monte entre les deux factions, et rien ne semble pouvoir l’enrayer...