Malgré tous les efforts que Kaname, Yûki et Zero déploient pour permettre aux vampires et aux humains de vivre ensemble, en paix, la situation s'envenime de jour en jour. En effet, un groupe d'humains s'acharne à dénoncer les vampires comme l’ennemi public numéro un. L’équilibre est fragile, les deux mondes risquent de sombrer à tout moment dans le chaos et la destruction. Yûki décide de se sacrifier, mais c'est sans compter sur les deux personnes qui l'aiment plus que tout…