Au large des côtes d'Okinawa, les chercheurs japonais construisent une cité sous-marine dont l'objectif est de permettre à l'archipel de survivre à la montée du niveau des océans. Mais cela crée des tensions avec Taïwan, qui accuse le gouvernement nippon de se servir de ses expériences comme prétexte pour faire disparaître des sous-marins. Les dissensions atteignent un seuil critique quand, réveillé par les sonars, un monstre marin surgit des flots...
Après la guerre, Hide, un jeune garçon, promet à sa sœur Miyoko, gravement malade, qu'il lui apportera un jour un véritable éléphant. Le petit se rend alors au zoo, mais il y fait la rencontre d'un vieil homme mystérieux qui va lui raconter comment des centaines d'animaux ont été abattus ici autrefois…
L'histoire se base sur des faits réels qui se sont déroulés à l'époque de la Seconde Guerre Mondiale, dans le zoo d'Ueno à Tokyo. En période de trouble, plusieurs animaux jugés dangereux ont été tués de peur qu'ils ne s'échappent et causent de graves dommages à la ville et à ses habitants en cas d'attaque près du zoo.
