Alors qu'il cherche une destination pour partir durant trois jours pendant les vacances d'été, Doraemon suggère à Nobita, Shizuka, Suneo et Jyaian un aventure sous-marine. Lorsqu'ils explorent l'océan, ils découvrent une civilisation qui n'a pas eu de contact avec les nations de la surface depuis plus siècles.

L'arrivée d'Aquarius, une planète aquatique qui inondera la Terre, menace l'humanité. Le Yamato doit parvenir à stopper cette avancée qui a été organisée par les Dinguil, une autre race qui a perdu sa planète d'habitat à cause d'Aquarius.

Toute la ville de Tomobiki est conviée au mariage d'Ataru...sauf Lum. Et pour cause; Ataru lui-même n'est pas au courant ! Il est en effet censé se marier avec la princesse Elle, venue d'une lointaine planète éponyme. Pourquoi donc ? La raison est simple : il y a 11 ans de ça, au cours d'une partie de "chat" improvisée entre la petite princesse en visite sur Terre et le très jeune Ataru, notre anti-héros préféré a posé le pied sur l'ombre de sa partenaire, ce qui, sur la planète Elle, équivaut à des fiançailles en bonnes et dues formes. En venant réclamer son futur époux, la belle princesse va déclencher une crise qui dépassera bien vite les frontières de Tomobiki ; pour empêcher cette inconcevable union, Lum et sa tribu au grand complet devront s'embarquer dans une aventure intersidérale sur fond d'enlèvement et de mariage express... Les problèmes et les décharges vont pleuvoir pour le pauvre Ataru !

En 2161, les crushers sont les hommes à tout faire de l'espace : chasse à la prime, exploration, escorte, rien n'est trop dangereux tant que le prix est juste. Joe est à la tête d'une équipe de Crushers, comptant Talos le cyborg, la belle Alfin et le gesticulant Ricky. Une mission d'escorte, à priori un travail de routine, va déraper et Joe et son équipage vont devoir découvrir quel complot se cache derrière la disparition de leur cargaison, et quelle menace pèse sur l'organisation des crushers.

La Terre est menacée. Un être fou et surpuissant dont le seul but est la destruction s'y dirige : Genma. La Princesse Luna, une prophétesse, se voit révélée sa venue et chargée de trouver ceux qui pourront défendre l'humanité face à cette menace : Vega, un cyborg d'un autre monde ayant longtemps combattu Genma, ainsi qu'un poignée de Terriens possédant de puissants pouvoir psychiques latents. Parmi eux, Jo ne sait pas encore quel genre de pouvoir dort en lui.

Au village Pingouin, le génial Dr. Norimaki vient de terminer sa nouvelle création. Il s'agit d'un androïde appelé Arale qui a les traits d'une petite fille de 13 ans et dont les capacités sont décuplées. Mais Arale est naïve et enchaîne les bêtises. Quand le docteur Norimaki décide de l'envoyer à l'école, c'est la vie de tout le village qui va être chamboulée...