Plusieurs dizaines d'années après la conclusion de Yu-Gi-Oh! GX, le jeu Duel de Monstres a changé ; les « Turbo Duels » révolutionnant les duels dans 5D'S. Ces duels sont joués dans des stades géants, et les duellistes font de la moto équipée pour les duels, appelés Duel Runners. Domino City a aussi changé sous la direction du chef des forces de sécurité, Rex Goodwin. De riches et puissantes personnes vivent dans ce qui est maintenant connue comme la Nouvelle Domino City, alors que les plus pauvres ont fui et vivent principalement dans les bas-fonds connus sous le nom de Satellite. Ils sont appelés les déchets de Satellite par les habitants de Domino City. Un ingénieux duelliste de Satellite, Yusei Fudo, a construit son propre Duel Runner. Mais Jack Atlas, se refuse à être un déchet et rêve de devenir le roi des duels. C'est alors qu'un jour, l'assistant de Rex Goodwin : Lazar, vient proposer à Jack de devenir le roi des duellistes de New Domino City à la seule condition d'avoir comme passeport le Dragon Poussière d'Étoile de Yusei et son propre Dragon Rouge Archdémon. Jack fait un coup-monté à Yusei pour lui prendre son Duel Runner et son Dragon Poussière d'Étoile en se servant d'un de ses amis : Rally Dawson. Il lui dit qu'il a subitement disparu alors que c'est lui qui l'a mis à l'eau sur une barque pendant que la mer était agitée. Yusei arrive en Duel Runner, pose son Deck et nage pour sauver Rally tandis que Jack lui vole son dragon ainsi que son runner et s'en va vers son nouveau destin, celui d'être le Roi des Duellistes de New Domino City. Pendant que Jack combat pour devenir le Roi des Duels, Yusei et ses amis sont forcés de vivre à Satellite. Deux ans plus tard, Yusei veut récupérer son Dragon Poussière d'Étoile et met en place un stratagème pour s'échapper de Satellite, ainsi commence l'histoire...

Yugi est un jeune garçon assez renfermé et ne semble pas avoir le courage de faire le premier pas vers les autres. Mais un jour il parvient à résoudre l’énigme du puzzle millénaire qui est en sa possession. Cet ancien item égyptien va totalement bouleverser sa vie et surtout sa personnalité. Petit à petit, sa gentillesse naturelle, sa passion du jeu et surtout cette pulsion interne qui le pousse à protéger ceux qu’il affectionne, vont faire grossir un cercle d’amis très solide autour de lui...